1878年、アーカンソー州。14歳の少女マティ・ロスは、父フランク・ロスが殺害された知らせを受ける。父は使用人として雇っていたトム・チェイニーとともに町へ来ていたが、酒に酔ったチェイニーが酒場で揉め事を起こし、それを止めようとした際に銃で撃たれて命を落としていた。

　チェイニーは父の銃と馬を奪い、そのまま逃亡していた。マティは父の死を悲しむだけではなく、犯人を自分の手で捕らえて法の裁きを受けさせることを決意する。

　まだ14歳の少女ながら、マティは大人相手にも一歩も引かない態度で行動する。フォートスミスへ向かい、父の遺体を引き取り、葬儀の手配や財産整理まで自分自身で進めていく。

　父を殺したチェイニーを追うため、マティは腕の立つ連邦保安官を探す。そして名前が挙がったのが、ルーベン・“ルースター”・コグバーンだった。

　コグバーンは片目を失った年老いた保安官で、酒を好み、荒っぽい性格の持ち主だった。しかし、犯罪者を追跡する能力や危険な場面で相手を撃ち抜く度胸を持ち、周囲から恐れられる存在でもあった。

　マティはコグバーンに父の仇討ちを依頼し、チェイニーを捕まえるための報酬を提示する。しかし、コグバーンは最初、少女の依頼を真剣には受け止めない。危険な旅になることを理由に、マティを同行させることも拒否する。

　それでもマティは諦めず、父から受け継いだ財産を使って報酬を用意し、強い意志でコグバーンを説得する。

　その頃、テキサス・レンジャーのラ・ビーフもチェイニーを追ってフォートスミスへやって来る。チェイニーはテキサスで州議員殺害の容疑もかけられており、ラ・ビーフにとっても捕らえるべき相手だった。

　ラ・ビーフはコグバーンと協力してチェイニーを追おうとする。しかしマティは、チェイニーをテキサスへ連れて行かれることを望まなかった。父を殺した罪でアーカンソーの法廷に立たせることにこだわり、二人の協力関係に反対する。

　最終的にコグバーンは依頼を引き受けるが、マティを連れて行くつもりはなかった。翌朝、コグバーンはラ・ビーフとともに先に出発する。

　しかしマティは二人を追い、馬に乗って荒野を進む。川を渡りながら追いついたマティの行動力に、コグバーンも驚かされる。ラ・ビーフは少女を危険な旅に同行させることに反対し、コグバーンのやり方にも不満を持つ。三人はそれぞれ異なる目的を抱えながら、チェイニーを追う旅を続けることに。

　やがて一行は、チェイニーが“ラッキー”・ネッド・ペッパー率いる強盗団と行動していることを知る。コグバーンとマティは雪に覆われた荒野を進み、手掛かりを探していく。

　途中で二人は山中の小屋を発見する。そこにはネッド・ペッパー一味と関係する男たちがいた。コグバーンは情報を得ようとするが、状況は銃撃戦へ発展する。

　コグバーンは相手を次々と撃ち倒し、マティを連れてさらに追跡を続ける。しかし、ラ・ビーフとは意見が合わず、一度別行動を取ることになる。

　旅の中で、マティとコグバーンの関係も少しずつ変化していく。最初は酒好きで乱暴な老人にしか見えなかったコグバーンだったが、マティは彼の持つ保安官としての実力を知っていく。一方のコグバーンも、強い意志を持って父の仇を追い続けるマティの覚悟を認めるようになる。

　ある日、マティは川辺で馬に水を飲ませている男を発見する。その男こそ、父を殺して逃亡していたトム・チェイニーだった。

　マティはチェイニーに銃を向け、自分が父親の娘であることを告げる。チェイニーは最初、少女を相手にしようとしなかったが、マティが本気で追跡してきたことを知ると態度を変える。

　マティは銃を撃つが、弾はチェイニーの腕をかすめ二発目は不発。チェイニーはマティを捕らえ、ネッド・ペッパー一味のもとへ連れて行く。

　ネッド・ペッパーはコグバーンと因縁を持つ男だった。彼はマティを人質に取り、コグバーンへ追跡をやめるよう要求する。しかしコグバーンは諦めることなく、ネッド一味との対決へ向かう。

　その後、ラ・ビーフがマティを救出し、チェイニーと対峙する。コグバーンは一人でネッド・ペッパーたちの前へ現れ、馬に乗ったまま銃撃戦を開始する。

　複数の敵を相手にしながら、コグバーンは圧倒的な射撃能力を見せる。ネッド・ペッパーにも銃弾を浴びせるが、自身も負傷して倒れ込む。

　ネッドがコグバーンにとどめを刺そうとした瞬間、ラ・ビーフが遠距離から狙撃し、ネッドを撃ち倒す。その直後、チェイニーはラ・ビーフを襲撃して倒す。マティは落ちていた銃を手に取り、ついに父を殺した男と向き合う。

　マティはチェイニーを撃ち、父の復讐を果たす。しかし、その衝撃で足場を失い、深い穴へ落下する。穴の中にはガラガラヘビが潜んでおり、マティは腕を噛まれてしまう。

　コグバーンはマティを助けるため穴へ降りる。負傷した彼女を抱え、ラ・ビーフの協力を得ながら脱出する。毒に侵されたマティを救うため、コグバーンは急いで町へ向かう。二人を乗せた馬リトル・ブラックは長距離を走り続けるが、限界を迎えて倒れてしまう。

　コグバーンは馬を休ませることもできず、最後には自ら馬を撃ち、マティを抱えて歩き続ける。荒野の中を進み続けたコグバーンは、ついにマティを医者のもとへ送り届ける。マティの命は救われるが、彼女が目を覚ました時、コグバーンの姿はすでになかった。

　それから25年後。大人になったマティは、父の仇討ちの旅とコグバーンとの時間を振り返る。彼女の腕はヘビの毒による影響で失われていたが、マティはコグバーンからの知らせを受け、再会するために向かう。しかし、彼はすでに亡くなっていた。

　マティはコグバーンの遺体を引き取り、自分の家族の墓地へ埋葬する。かつて荒々しい保安官だった男との旅を思い返しておしまい。

　新聞社の輪転機が勢いよく回り、銀行強盗事件を伝える新聞が印刷される場面から物語は始まる。銀行を襲撃した野尻、高杉、江島の三人は、警察の追跡をかわすため、奪った現金を持って北アルプスの雪山へ逃げ込む。

　三人は拳銃を所持し、吹雪が吹き荒れる厳しい山中を進んでいく。逃走の途中、三人は温泉宿に身を隠す。宿では銀行強盗犯の情報がラジオで流れており、犯人の特徴として「右手の指がない」という情報が伝えられていた。

　宿泊客の学生は、右手を隠すようにしている男を怪しみ、本当に犯人なのか確かめようとする。学生は男の右手を見ようと様々な行動を起こし、三人は次第に自分たちの正体が疑われていることを察知する。

　危険を感じた三人は温泉宿を離れ、さらに雪深い山へ逃げ込む。追跡してきた警察との銃撃戦の中で、高杉は雪崩に巻き込まれる。野尻と江島は助けようとするものの、高杉は大量の雪の中へ消えてしまう。

　こうして銀行強盗犯は野尻と江島の二人だけになる。二人は険しい雪山を進み続け、やがてスキーで移動した跡を発見する。その跡を追った先で、雪に閉ざされた山小屋を見つける。

　山小屋には、老人の小屋主と孫娘、そして登山家の本田が暮らしていた。本田は雪山で生活する知識を持ち、老人や少女を支えながら静かな生活を送っていた。

　突然現れた逃亡犯の二人に対し、本田たちは警戒する。しかし野尻と江島は拳銃で脅し、山小屋に留まることになる。

　山小屋で過ごす時間の中で、野尻の心には少しずつ変化が生まれる。老人や少女、本田と接することで、犯罪を繰り返してきた自分の生き方を見つめ直すようになる。

　特に少女の純粋な態度や、厳しい雪山の中でも互いに助け合う山小屋の人々の姿は、野尻が忘れていた人間らしい感情を呼び起こしていく。

　一方、江島は最後まで考えを変えようとしない。彼は周囲への不信感や怒りを抱えたまま、山小屋の人々の優しさにも心を開かない。野尻が変化していくことにも反発し、二人の関係は次第に対立へ向かっていく。

　やがて江島は雪山を越えて逃げるため、本田に案内を強要する。野尻も同行し、三人は険しい山越えを開始する。

　本田は雪山の危険を知っているため、安全な道を選ぼうとする。しかし江島は一刻も早く逃げることを優先し、無理な進行を続ける。

　雪渓を進む途中、江島は足を滑らせて転落する。つながれていたザイルによって野尻も引きずられ、二人は雪の斜面を滑り落ちる。

　本田はザイルを握り、二人が落下しないよう必死に支える。しかし二人分の体重を支え続けることで、本田自身が動けない状態になってしまう。

　野尻と江島は何とか雪の斜面から戻るが、本田を助けるには協力する必要があった。しかし江島は自分の生存を優先し、本田を救うための行動を取ろうとしない。

　その姿を見た野尻は江島に怒りをぶつけ、二人は激しく対立する。その結果、江島は雪山で命を落とす。

　野尻は本田とともに山を下りることになる。山を下りた野尻の前には警察が待ち構えていた。野尻は逮捕され、護送されることになる。

　最後に野尻は山小屋で出会った少女に別れを告げ、警察へ連行されていく。汽車の窓から雪山を見上げる野尻の姿が映し出されておしまい。

　111歳の誕生日を迎えようとしているビルボ・バギンズは、自分が若かった頃に経験した冒険を記録するため、物語を書き始めていた。ビルボは甥のフロドに、かつて自分が経験した旅について語り始める。

　物語は60年ほど前へ。かつて、はなれ山ことエレボールには、ドワーフの王スロールが治める巨大な王国が築かれていた。山の内部には莫大な金銀財宝が蓄えられ、ドワーフたちは豊かな暮らしを送っていた。しかし、その財宝に目をつけた巨大なドラゴン、スマウグがエレボールを襲撃する。

　スマウグはエレボールだけでなく、ふもとの人間の町デイルも襲い、町を焼き払う。ドワーフたちはスマウグに王国を奪われ、エレボールから追い出されることになる。

　幼い王子だったトーリン・オーケンシールドも、祖国を失ったドワーフの一人だった。やがて成長したトーリンは、祖父スロールがモリアでアゾグ率いるオーク軍と戦い、命を落としたことを知る。

　トーリンはアゾグと戦い、その腕を切り落とす。しかしアゾグは生き延び、トーリンに深い恨みを抱くことになる。この戦いでトーリンはオークの攻撃から身を守るため、オークの盾を拾って戦ったことから「オーケンシールド」と呼ばれるようになった。

　それから長い年月が経ち、ホビット庄ではビルボ・バギンズが平穏な毎日を送っていた。

　ある日、ビルボの家を魔法使いのガンダルフが訪れる。ビルボはガンダルフを迎えるが、その夜から次々とドワーフたちが家にやって来る。トーリンを中心とした13人のドワーフは、ビルボの家で食事をし、酒を飲み、歌を歌いながら大騒ぎする。

　突然大勢の客が押しかけたことで、ビルボは困惑する。しかし、ドワーフたちが何のために集まったのかを知ることになる。トーリンたちは、スマウグに奪われた故郷エレボールを取り戻そうとしていた。そのためには、はなれ山まで旅をして、ドラゴンのスマウグから王国を奪還しなければならない。

　ガンダルフはその旅にビルボを加えようとしていた。ビルボには、ドワーフたちが必要とする「忍びの者」としての才能があると考えていたからだ。

　しかしビルボ自身は冒険を望んでおらず、ホビット庄で静かに暮らし、決まった時間に食事をして、自分の家で穏やかな生活を送ることを好んでいた。それでも、ドワーフたちが故郷を失った悲しみを歌う姿を目にしたことで、ビルボの心に変化が起きる。

　翌朝、ドワーフたちが出発した後、ビルボは自分の中にある冒険への気持ちに気づく。彼は急いで家を飛び出し、ドワーフたちの後を追う。

　こうしてビルボは、トーリン、フィーリ、キーリ、ドワーリン、バーリン、ボフール、ボンブール、ビフール、オイン、グローイン、ノーリ、ドーリ、そしてガンダルフとともに、エレボールを目指す旅へ出発する。

　旅の途中、一行は3人のトロル、トム、バート、ウィリアムに捕まってしまう。トロルたちはドワーフたちを食べようとするが、ビルボは彼らの注意を引きつけるために話しかける。

　そこにガンダルフが現れ、太陽の光を浴びせてトロルたちは石にする。ビルボたちは危機を逃れ、トロルの野営地を調べる。

　そこには武器が隠されていた。ガンダルフはエルフが作った剣グラムドリングを手に入れ、トーリンはオルクリストを手にする。ビルボも小さな剣を手に入れ、後にそれを「つらぬき丸」と名付ける。その後、一行はエルロンドが治める裂け谷へ向かう。

　裂け谷ではエルフたちから歓迎を受けるが、トーリンはエルフに対して複雑な感情を抱いていた。かつてスマウグがエレボールを襲った際、エルフたちはドワーフを救うために動かなかったから。

　一方、ガンダルフとエルロンドは、トーリンが持っていたエレボールの地図を調べる。月明かりによって隠されていた文字が浮かび上がり、はなれ山には秘密の扉が存在することが判明する。その扉を開くためには、特定の時期に鍵を使う必要があった。

　エレボールへ入るための手がかりを得た一行は、裂け谷を出発する。霧ふり山脈を越える途中、一行は巨大な石の巨人たちが戦う場面に遭遇する。山そのものが揺れるほどの激しい戦いに巻き込まれ、ドワーフたちは必死に逃げる。

　その後、一行は洞窟の中へ避難するが、そこはゴブリンたちの地下世界へつながっていた。ゴブリンたちはドワーフたちを捕らえ、地下深くにあるゴブリン町へ連れていく。

　トーリンたちはゴブリン王の前に連れてこられる。ゴブリン王はトーリンが持っているオルクリストを見て、彼が誰なのかに気づく。しかし、ガンダルフがゴブリンたちの隙を突いて攻撃を仕掛ける。ドワーフたちも反撃し、一行はゴブリン町から脱出しようとする。

　その混乱の中、ビルボは仲間たちとはぐれてしまう。一人で地下をさまよっていたビルボは、洞窟の中で黄金の指輪を拾う。この時のビルボは、その指輪が後に中つ国の歴史を大きく変える「一つの指輪」だとは知らない。ビルボはさらに洞窟の奥へ進み、地下の湖でゴラムと遭遇する。

　ゴラムはビルボを食べようとするが、ビルボはすぐに殺されることを避けるため、ゴラムになぞなぞを出す。ゴラムもなぞなぞを返し、二人は互いに問題を出し合う。やがてビルボは、最後の質問として「ポケットに何が入っている？」と尋ねる。

　ゴラムはそれを正式ななぞなぞとして認めようとしない。しかし、ビルボはその間に、先ほど拾った指輪をポケットから取り出して身につける。すると、ビルボの姿が消える。指輪には身につけた者の姿を隠す力があった。

　透明になったビルボは、ゴラムに気づかれないように洞窟の出口を探す。ゴラムは自分が「いとしいしと」と呼ぶ指輪を失ったことに気づき、必死になって探し続ける。

　ビルボはゴラムを殺せる場所まで追い詰める。しかし、剣を手にしたビルボはゴラムを殺すことができず、そのまま彼の横を通り過ぎる。ビルボは洞窟の出口へ向かい、最後には指輪を外してゴラムの前に姿を現す。そしてゴラムを残して洞窟から脱出する。

　地上へ戻ったビルボは、再びドワーフたちと合流する。トーリンは、ビルボが自分たちを見捨てて逃げたのではないかと思っていた。しかしビルボが戻ってきたことで、トーリンのビルボに対する見方も少しずつ変化していく。

　しかし、一行を追跡していた敵はゴブリンだけではなかった。かつてトーリンと戦い、腕を切り落とされたオークのアゾグが生きていた。

　アゾグはトーリンへの復讐を果たすため、オークとワーグの軍勢を率いて一行を追跡する。ドワーフたちは森の中でオークとワーグに襲われる。追い詰められた彼らは木の上へ逃げるが、ワーグたちは木を倒そうとする。

　ガンダルフは松ぼっくりに火をつけ、それを武器として使いながらワーグを追い払う。しかし、オークたちは攻撃を続ける。やがてトーリンは、アゾグと直接対決することになる。

　トーリンはアゾグに立ち向かうが、激しい攻撃を受けて追い詰められる。ビルボはトーリンを助けるため、つらぬき丸を手にしてオークたちに立ち向かう。

　トーリンはビルボを危険な戦いに巻き込みたくないが、ビルボは逃げずにトーリンのそばに残る。アゾグはトーリンに重傷を負わせる。しかし、ビルボたちが戦ったことでトーリンは命を取り留める。

　そこへ巨大な大鷲たちが現れ、一行を救出する。ドワーフたちは大鷲によってオークとワーグの追跡から逃れ、山の上へ運ばれる。その後、一行は再びエレボールを目指す。

　山の内部ではスマウグが眠っていた。大量の財宝の上に横たわっていたスマウグが目を覚ます。巨大なドラゴンの目が開かれ、これから始まる戦いを予感させるところで物語はおしまい。

　川上達也は、自分がなぜこのような人生を送ることになったのかを振り返るように、自らの過去を語っていく。達也にとって、かつての家族は父、母、兄、妹がそろった普通の家庭だった。父親は会社を経営しており、家計にも余裕があった。達也自身も大学への進学を目指せる環境にあり、兄は頼りになる存在で、妹はまだ幼く、母親も家族を支えていた。達也にとって、父親が生きていたころは家族が一つにまとまっている。

　しかし、その父親が自殺したことで、家庭の状況は急激に変化していく。父親の死によって家族の生活基盤は崩れ、達也は大学への進学を断念することになる。将来に向けて進むはずだった道が突然閉ざされ、家族のなかにも、それまでにはなかった変化が生まれていく。

　兄もまた病気を患い、癌の治療を受けることになる。さらに病気の転移による後遺症で片目を失明し、それまでのような生活を送ることができなくなった兄は、次第に自暴自棄になっていく。妹も、父親が亡くなったことで生活環境が大きく変わり、以前とはまったく違う貧しい暮らしを強いられる。家庭の変化に戸惑った妹は、次第に反抗的な態度を見せるようになる。

　父親が亡くなり、兄が病気になり、達也自身も大学へ進む道を失う。家族を支えていたものが一つずつ失われていくなかで、家族は少しずつばらばらになっていく。自殺未遂をする達也は病院で宗教二世の女性が慰めてくれる。

　その後、母親は宗教団体に入信する。母親は父親が残した生命保険などの財産を教団への献金に使うようになり、家族の生活よりも宗教団体への献金を優先するようになっていく。父親が家族のために残した金も次々と献金に回され、家庭に残された財産は失われていく。

　達也の家族は経済的にも追い詰められ、最終的に母親は自己破産するまでに至る。父親を失ったことで家族の生活が苦しくなったにもかかわらず、母親は宗教団体への献金を続けていく。

こうして達也は、自分たち家族の生活を壊した原因の一つとして、母親が信仰する宗教団体を強く意識するようになる。父親の死、大学進学の断念、兄の病気、妹との関係、そして母親による献金。達也の人生に起きたさまざまな出来事が、宗教団体への憎しみと結びついていく。

　兄が母親を宗教団体から取り戻そうとする。兄は母親を連れ戻すために教団の施設へ向かうが、そこで屈強な教団職員に捕らえられてしまう。

　達也は一時期、自衛隊に所属していた経験を持つ。その経験も背景となり、やがて自宅の部屋に閉じこもって銃を作り始める。達也が最初に考えていたのは、自分の家族を苦しめた宗教団体への復讐だった。宗教団体そのものを攻撃し、家族を壊したと考える相手に復讐することで、自分の人生に決着をつけようとする。銃を製造中の隣人の女性は革命について語り、達也に理解を示そうとする。

　しかし、達也の怒りは次第に宗教団体だけではなく、その団体と政治的な関係を持つ人物へと向かっていく。達也の部屋には政治家の写真が貼られており、そのなかには安倍晋三の姿もある。達也は、宗教団体と政治の関係を問題視し、その関係を象徴する人物として安倍晋三に目を向けるようになる。

　演説会場には多くの人が集まっている。達也は人混みのなかで標的を待ち、銃を手にしてその時を迎える。そして、演説を行っている政治家に向かって銃を発砲する。

　達也は銃撃を終えた後、その場から逃走することなく取り押さえられておしまい。

　2002年、ニューヨーク。地球に暮らす宇宙人を監視し、地球人に知られないように事件を処理する秘密組織MIBこと「メン・イン・ブラック」で、エージェントJは一人で任務を続けていた。かつての相棒KがMIBを引退し、自らの記憶をニューラライズして一般人として暮らす道を選んだため。Jは現在ではMIBでも優秀なエージェントとして知られていたが、相棒になったエージェントが宇宙人絡みの事件に耐えられないと判断すると、ニューラライザーで記憶を消して一般人に戻してしまうため、なかなか長続きする相棒に恵まれない。

　そんなJが捜査することになったのが、ピザ店で発生した殺人事件。店主のベンは地球人ではなくザルタ星人であり、事件の現場にはローラという女性も居合わせていた。Jが調査を進めると、ベンはセクシーな下着モデルの姿に変装した宇宙人セレーナから、あるものの在りかを聞き出そうとされていたことが分かる。その探し物とは「ザルタの光」と呼ばれる謎の存在。　

　セレーナの正体は、植物のような姿をしたキロシアン星人だった。普段は人間の女性の姿をしているが、本来の姿は巨大な触手を持つ怪物のような姿であり、圧倒的な力を持っている。セレーナは二つの頭を持つ宇宙人スクラッドと、その相棒チャーリーを従え、長年にわたってザルタの光を探し続けていた。しかし、ベンは最後まで光の在りかを明かさず、セレーナによって殺害される。

　事件を目撃していたローラは、その場から逃げ出していた。Jはローラを保護して事情を聞き、彼女が「ザルタの光」という言葉を耳にしていたことを知る。MIBの規則では、宇宙人の存在を知った一般人の記憶をニューラライザーで消す必要がある。しかし、Jはローラに好意を抱き、彼女の記憶を消さずに守ることを選ぶ。事件の目撃者だったローラは、次第にJにとって特別な存在になっていく。

　一方、MIBの上司Zは、ザルタの光について重要な情報をJに伝える。実は、かつてMIBでエージェントを務めていたKが、その光の秘密を知っているというのだ。しかしKはMIBを引退する際、自分自身の記憶をニューラライズしていた。現在のKはケビンという名前で、田舎の郵便局長として平穏な生活を送っている。MIBに所属していた記憶も、宇宙人と戦っていた過去も、ザルタの光に関する記憶もすべて失っていた。

　JはKのもとへ向かい、郵便局を訪れたJは、Kの周囲で働いている郵便局員たちが実は宇宙人であることを見抜く。そして、自分がMIBのエージェントであることをKに示し、かつて二人が相棒だった事実を伝える。Kは最初こそJの話を信じようとしないが、Jの説明や目の前で起こる出来事を通して、自分がかつて宇宙人を相手に働いていたことを少しずつ受け入れていく。

　JはKをニューヨークのMIB本部へ連れ戻し、失われた記憶を取り戻そうとする。しかし、二人が本部に戻った直後、セレーナがMIB本部を襲撃する。セレーナは本部へ侵入すると、エージェントたちを襲撃し、収容されていた宇宙人たちまで解放してしまう。MIB本部は大混乱に陥り、JとKもその場から逃げ出すことになる。

　二人が向かったのは、宇宙人が経営する質屋だった。そこには違法なニューラライザー解除装置があり、Jはその装置を使ってKの失われた記憶を復元しようとする。しかし、Kの記憶は完全には戻らなかった。KはMIBを辞める際に、自分自身のニューラライザーを使って過去を消していたため、通常の方法では重要な記憶まで復元できない。

　それでもKは、記憶を失った自分が将来再びMIBの仕事に戻る可能性を考え、過去の自分自身に向けていくつもの手掛かりを残していた。JとKはその手掛かりを一つずつ追い始める。二人が手掛かりをもとに向かったのは、ニューヨークのグランド・セントラル駅だった。

　そこで二人はロッカーの中に、小さな宇宙人たちが暮らしている奇妙な世界を発見する。その宇宙人たちはKを神のように崇拝しており、Kが残したビデオ店の会員証まで宗教的な象徴として扱っていた。JとKはさらに手掛かりを追い、ビデオ店へ向かう。そこでKが過去に残した映像を発見し、その映像を手掛かりにして、Kの失われた記憶をさらに取り戻していく。

そしてKは、25年前に起きた事件を思い出す。かつてザルタ星の王女ローレンナが地球へやって来た。彼女は、セレーナから「ザルタの光」を守るためにMIBへ助けを求めていた。しかしMIBは、宇宙人同士の争いには介入しないという立場を取っていたため、ローレンナの依頼を受け入れなかった。

　その直後、セレーナが現れ、ザルタの光を奪おうとする。Kはローレンナを守るために行動し、ザルタ星人が使っていた宇宙船を発進させる。セレーナはザルタの光が宇宙船に乗っていると考え、その船を追跡する。しかしKの目的は、セレーナを地球から遠ざけることだった。Kは宇宙船を囮として利用し、その間に本物のザルタの光を地球に残していた。

　しかし、セレーナはローレンナを殺害してしまう。Kはセレーナにザルタの光の在りかを知られないようにするため、自分自身を含む関係者の記憶を消していた。こうしてKは、ザルタの光の秘密を守るためにMIBを離れ、普通の人間として暮らしていたのだった。

　Kの記憶が戻ったことで、JとKはザルタの光が現在も地球に残されていることを知る。しかし、ザルタの光は単なる貴重な宝物ではなかった。ザルタ星にとって極めて重要な存在であり、光が地球から持ち出されなければ、地球そのものが危険にさらされることになる。

　JとKはザルタの光を探し始める。そしてJは、ローラが身につけているブレスレットに注目する。そこから光が発せられていることに気づき、ローラがザルタの光と深い関係にあると考える。

　そのころ、セレーナは再びMIB本部を襲撃し、収容されていた宇宙人たちを解放して自分の手下にしていた。そして、ザルタの光がローラのもとにあることを突き止める。セレーナはローラを捕らえ、JとKは彼女を救出するためにMIB本部へ向かう。

　JとKはセレーナの手下たちと戦いながらローラを救い出す。しかしセレーナはすぐに二人を追跡する。J、K、ローラはニューヨークの地下へ逃げ込み、地下鉄の中で巨大な地下生物ジェフと遭遇する。Jはこの巨大生物を利用してセレーナを倒そうとし、ジェフにセレーナを食べさせることに成功する。

　JとKはローラを守りながら逃走し、彼女のブレスレットが示す方向へ進んでいく。そして、ザルタ星人が地球に残した宇宙船を発見する。

　そこでKは、ローラの正体を明かす。ローラは普通の地球人ではなく、25年前に地球へやって来たザルタ星の王女ローレンナの娘だった。そしてローラ自身が、セレーナが長年探し続けていた「ザルタの光」だったのである。

　ローラが地球に残れば、セレーナに狙われ続けるだけではない。ザルタの光が地球に留まり続けることで、地球そのものも危険にさらされる。そのためローラは、ザルタ星へ戻らなければならなかった。Jはローラ自身と地球を守るため、彼女を宇宙船へ乗せる。

　その直後、セレーナが再び姿を現して、巨大な姿となったセレーナは、ローラを奪おうとJたちに襲いかかる。JとKは協力してセレーナと戦い、ついに彼女を倒す。

　事件が終わった後、ニューヨークの人々の多くはセレーナの襲撃を目撃していた。そこでKは、自由の女神像に仕掛けられていた巨大なニューラライザーを使用する。ニューヨーク中の人々からセレーナやMIBに関する記憶を消去し、宇宙人の存在を再び人類の記憶から隠す。

　ローラはザルタ星へ向かうことになり、Jは彼女と別れる。その後、Kはグランド・セントラル駅のロッカーに暮らしていた小さな宇宙人たちをJのロッカーへ移す。そして最後には、J、K、フランクたちが暮らす地球そのものが、さらに巨大な宇宙人から見れば小さなロッカーの中に収められた世界にすぎないというのがわかっておしまい。

　1982年、オークストリートではグレッグ・プラット、妻のデニース、娘のオードリー、息子のブライアン、そして犬のスターバックが暮らしている。デニースは小説を書いており、オードリーは科学に関心を持っている。

　ある日、オークストリート周辺で通常とは異なる発光現象が発生する。発光した場所には、それまで存在していなかった植物や物体が現れる。オードリーは、この現象が時間と空間に関係していると考え、ワームホールの可能性を指摘する。

　小さな発光現象が繰り返された後、オークストリート一帯を巻き込む大規模な現象が発生する。住宅や道路を含む地域全体が、それまで存在していた場所から別の環境へ移動する。周囲には現代とは異なる植物が広がり、恐竜が姿を現す。

　住宅街では住民たちが恐竜に襲われる。恐竜は道路や住宅の間を移動し、人間を追跡する。住民たちは銃やナイフ、住宅にある道具などを使って恐竜に対抗する。

　オードリーは、最初に現れた小さな発光現象と、オークストリート全体を移動させた現象が同じものだと考える。その後も住宅街には発光する球状の現象が現れる。オードリーは、それらが異なる時間と場所をつなぐワームホールだと考え、そこを利用すれば元の時代へ戻れる可能性があると説明する。ワームホールが発生した原因については、映画では具体的に説明されない。

　プラット一家は、姿を消したスターバックを探すため住宅街を移動する。その途中でオードリーとブライアンは、近所の少女ジーネットを発見する。ジーネットは恐竜に襲われており、二人は彼女を助ける。ジーネットの両親はすでに死亡しており、ジーネットはプラット一家と行動することになる。

　住宅街では恐竜による襲撃が続く。家の中にも恐竜が入り込み、住民たちは住宅を移動しながら身を守る。さらに火災も発生し、住民たちは恐竜と火から逃げることになる。

　その後、グレッグたちの前に大型の恐竜が現れる。グレッグは家族を逃がすために恐竜へ向かい、ハンマーで攻撃する。しかし恐竜に反撃され、脚を噛まれる。グレッグは倒され、恐竜に食べられて死亡する。

　グレッグを失ったデニース、オードリー、ブライアン、ジーネット、スターバックは、住宅街から脱出するために移動する。デニースたちは発光する球状の現象を発見し、その近くにある図書館員ヴァルコートの家へ向かう。

　発光する球体は一定時間だけ出現した後に消える。デニースたちは、次に発生したワームホールへ入って元の時間へ戻ろうとする。途中でも恐竜が現れ、一行は襲撃を避けながら移動する。

　ジーネットが先にワームホールへ入り、ブライアンも続こうとする。しかしワームホールが閉じ、ブライアンは負傷する。スターバックがブライアンを助け、デニース、オードリー、ブライアン、ジーネット、スターバックは再びワームホールへ向かう。

　一行はヴァルコートの家を通り、恐竜の襲撃を避けながら移動する。最終的にデニースたちはワームホールへ入り、1982年の世界へ戻る。

　一行が到着したのは、オークストリートが移動する前の時間だった。デニースは時間が異変の発生前に戻っていることを確認する。海外の解説では、最初の異変が起きる約20分前とされている。

　デニースはグレッグを救うために電話でピザを注文する。グレッグはピザの配達をしており、注文を受けてオークストリートを離れる。その後、最初の大規模な異変が発生するが、グレッグはすでにオークストリートから離れているため、恐竜のいる環境へ移動することを避ける。

デニースはオークストリートの住民にも異変を知らせる。住民たちは異変が起こる前に避難し、オークストリートでは再び大規模な現象が発生する。

　2年後、デニースはオークストリートで起きた出来事を本にまとめる。その本のタイトルは『The End of Oak Street』となる。オードリーはコーネル大学へ進み、カール・セーガンのもとで学ぶ。グレッグ、デニース、オードリー、ブライアン、スターバックも一緒に暮らしている。

　さらに、プラット一家はジーネットの家族と一緒に過ごしている。そこには時間移動によって同じ時代に存在することになったジーネットが二人いる場面が描かれておしまい。

　ホームランダーがアメリカを事実上支配し、ヴォート社と政府を一体化させた新たな体制を築くなか、ヒューイ、M.M.、フレンチーは「フリーダム・キャンプ」に収容されている。アニーことスターライトは抵抗組織の中心人物として活動し、ホームランダーの支配に対抗していた。キミコは行方不明となり、ビリー・ブッチャーはチームから離れて単独で行動している。

　ホームランダーは自分をアメリカを救う救世主として国民に崇拝させるため、宗教団体「民主教会」を利用する。彼を神格化するプロパガンダが次々と展開され、「ホームランダー・バイブル」まで作られる。一方、アニーはホームランダーとメイヴが旅客機「フライト37」の乗客を救わず、乗客たちを見捨てた過去を示す映像を公開する。しかし、ホームランダーの側近であるシスター・セージは映像をAIによる偽情報だと主張し、ホームランダー陣営は大量の偽情報を流して世論を操作する。

　ホームランダーはヒューイ、M.M.、フレンチーを捕らえ、公開処刑すると発表する。これはアニーとブッチャーをおびき出すための罠でもあった。ブッチャーは自分の父親との過去を思い返しながら行動し、行方不明になっていたキミコの居場所を探す。そして、マニラにいるキミコを見つけ出し、ヒューイたちを救出するための作戦に加わる。

　救出作戦では、ホームランダーの命令を受けたAトレインがヒューイたちの前に現れる。しかし、Aトレインは命令に背き、ヒューイを逃がすためにホームランダー側と対立する。かつてAトレインはヒューイの恋人だったロビンを高速走行中に轢き殺した人物であり、ヒューイにとって最大の仇の一人だった。それでもAトレインは最後にヒューイを救うことを選び、ホームランダーの攻撃を受けて命を落とす。ヒューイは自分の人生を壊した男に救われるという状況に直面する。

　そのころブッチャーは、ヴォート社が開発したスープを殺すウイルスを利用してホームランダーを倒そうとしていた。このウイルスは『ジェン・ブイ』から続く物語ともつながっており、ブッチャーはさらに改良を加えて大量のスープを殺せる兵器にしようとする。彼はサミールからウイルスを受け取り、ホームランダーがヴィクトリア・ニューマンを殺したと信じ込ませることで、彼を利用しようとする。

　しかし、ブッチャーが考えていた計画はホームランダーを殺すことだけではなく。ホームランダーを含め、すべてのスープを地上から消し去ろうとしていた。ヒューイやアニーたちはホームランダーを倒すためならウイルスを利用する可能性も考えるが、ブッチャーが復讐心に支配され、誰にも止められなくなることを警戒する。

　一方、ホームランダーも自分の肉体が永遠ではないことを恐れ始める。彼は父親であるソルジャーボーイとの関係を利用し、初代コンパウンドVよりも強力な「V1」を探し始める。V1には不死身に近い肉体を作る可能性があり、ブッチャーが持つスープ殺しのウイルスに対抗できる可能性もあった。そのため、ホームランダーとブッチャーはそれぞれの目的からV1を追い始める。

　シスター・セージはV1を再現しようとするが、実験は成功せず、被験者が死亡する。M.M.たちはV1の手がかりを得るため、かつてヴォート社の内部事情を知っていたレジェンドを捜す。レジェンドはヴォート社によって人生を奪われた過去を持ち、現在はヴォート社が所有する映画館で働いていた。M.M.たちは彼からV1を利用した可能性があるスープ、ボムサイトについての情報を得る。

　ホームランダーを神格化するためのプロパガンダや、彼に忠実なファイアクラッカーの立場、ブラック・ノワールIIとディープの関係、ソルジャーボーイの過去なども描かれる。ファイアクラッカーはホームランダーを崇拝する人々を増やすために宣伝活動を続けるが、ホームランダーは次第に彼女の忠誠心そのものを疑うようになる。シスター・セージもホームランダーにただ従っているわけではなく、独自の目的を持って行動していた。

　やがてM.M.たちはレジェンドから得た情報を手掛かりに、V1に関係する場所へ向かう。そこにはかつてV1を使用したスープたちが集まっていた。彼らを追うなかで、ボムサイトがV1によって不死身に近い肉体を手に入れていたことが判明する。しかし、そこへソルジャーボーイが現れる。ソルジャーボーイはボムサイトの能力を奪い、不死身の肉体を失わせる。

　ソルジャーボーイはホームランダーに対して複雑な感情を抱いていたが、最終的には自分の息子であるホームランダーにV1を渡す。ホームランダーはV1を自ら使用し、不死身に近い肉体を手に入れようとする。これによって、ブッチャーが持つスープ殺しのウイルスがホームランダーに通用する可能性は大きく低下する。

　一方、フレンチーとキミコは、それぞれが抱えてきた過去と向き合っていた。2人は互いに支え合いながら、ホームランダーとの最終決戦に備える。フレンチーはキミコを守ろうとし、キミコもまたフレンチーとの関係を通じて、自分がこれまで抱えてきた罪や過去に向き合っていく。

　抵抗組織の戦いには、『ジェン・ブイ』のマリー・モロー、ジョーダン・リー、エマ・マイヤーらも加わる。ホームランダー側の戦力が抵抗勢力を追い詰めるなか、フレンチーはキミコを守るために自分の命を犠牲にする。彼は放射線による攻撃に身をさらし、キミコを救う代わりに命を落とす。キミコは最愛の相手を失う。

　そして最終話では、ホームランダーがホワイトハウスを支配し、アメリカを完全に自分の手中へ収めようとする。ヒューイ、アニー、M.M.、キミコら残されたメンバーは、ホームランダーの支配を終わらせるためにホワイトハウスへ向かう。マリー、ジョーダン、エマらも戦いに加わり、ホームランダー側のスープたちと抵抗勢力が激突する。アニーとディープが戦い、ディープが海の生物たちに恨まれていて復讐される。

　戦いのなかでキミコはホームランダーと直接対峙し、彼の能力を奪うことに成功する。これまで誰にも止められなかったホームランダーは能力を失い、普通の人間と同じ存在になる。圧倒的な力を失ったホームランダーの前に、今度はブッチャーが現れる。

　ホームランダーは命乞いをし、自分が何でもするから助けてくれと懇願する。しかし、ブッチャーはこれまでホームランダーによって命を奪われた人々や、妻ベッカのことを思い出し、彼を許さない。ブッチャーはバールを手に取り、ホームランダーの頭部を貫いて、ブッチャーとホームランダーの因縁に決着がつく。

　ホームランダーを殺したブッチャーは、ホームランダーだけを殺しても十分ではないと考え、V1の影響でウイルスが効かなくなったスープも含め、すべてのスープを殺そうとする。ブッチャーはヴォートタワーへ向かい、スープ殺しのウイルスを建物のスプリンクラー設備に仕込もうとする。

　ヒューイはブッチャーを追い、彼の計画を止めようとする。ブッチャーはヒューイを説得し、自分の計画を実行しようとするが、ヒューイはこれ以上ブッチャーに人を殺させることを拒否する。2人は対立し、ヒューイはブッチャーを撃つ。

　致命傷を負ったブッチャーはヒューイに抱えられ、自分が止まらなかった以上、ヒューイには自分を撃つしかなかったと受け入れる。そして、どれだけ自分がヒューイを苦しめても、ヒューイは最後まで自分自身を失わなかったことを認める。ブッチャーはそのまま息を引き取る。

　戦いが終わったあと、ヒューイ、アニー、M.M.、キミコたちは、それぞれの人生を歩み始める。ヒューイとアニーは新しい生活を選び、2人の間には子どもが生まれることが示される。M.M.も家族との生活を取り戻し、キミコはフレンチーを失った後、フランスへ移り住む。ライアンもブッチャーから距離を置き、自分自身の人生を選ぶ。

　ホームランダーの支配が終わったことで、ヴォート社を中心とした体制も大きく変化する。スタン・エドガーがヴォート社に戻り、マリー、ジョーダン、エマらも生き残り、それぞれの物語が残される。

　最終的に、ホームランダーとブッチャーはともに死亡し、Aトレイン、フレンチー、ファイアクラッカー、ディープら多くの人物もそれぞれの結末を迎えておしまい。

　コスタリカ沖のイスラ・ヌブラル島では、恐竜をよみがえらせたテーマパーク「ジュラシック・パーク」の開園準備が進められていた。しかし、檻へヴェロキラプトルを移送していた作業員が襲われて命を落とす事故が発生する。莫大な資金を投じた投資家たちはパークの安全性に疑問を抱き、運営会社インジェン社の創設者ジョン・ハモンドは、安全性を証明するため専門家たちを島へ招待することを決める。

　古生物学者アラン・グラント博士と古植物学者エリー・サトラー博士は発掘調査中、突然ハモンドから島への招待を受ける。研究資金の提供を条件に依頼を引き受けた二人は、数学者イアン・マルコム博士、投資家側の代理人ドナルド・ジェナーロとともにヘリコプターで島へ向かう。

　島へ降り立った一行は、草原を歩く巨大なブラキオサウルスを目の当たりにし、絶滅したはずの恐竜が実際に生きている光景に言葉を失う。その後もパラサウロロフスやトリケラトプスなど数多くの恐竜が自然の中で生活する姿を見学し、誰もが驚きを隠せない。

　ビジターセンターでは、恐竜復活の仕組みが説明される。琥珀に閉じ込められた蚊の体内から恐竜のDNAを採取し、不足した遺伝子はカエルのDNAで補完することでクローンを誕生させていた。また繁殖を防ぐため、すべて雌だけが作られていると研究主任ヘンリー・ウーが説明する。しかしマルコムは「生命は必ず道を見つける」と語り、人間が自然を完全に支配できるという考えそのものへ警鐘を鳴らす。

　一行は危険なヴェロキラプトルの飼育施設も見学する。ゲームキーパーのロバート・マルドゥーンは、ラプトルは仲間同士で連携し、檻の弱点を学習するほど知能が高いと説明し、最も危険な恐竜だと警告する。

　一方、システム管理者デニス・ネドリーは競合企業バイオシンから高額報酬を提示され、恐竜の胚を盗み出す計画を進めていた。特殊なシェービングクリーム缶へ胚を隠し、停電を起こして島から持ち出そうと準備を進める。

　ハモンドの孫ティムとレックスも加わり、自動運転車によるパーク見学が始まる。しかし期待していたティラノサウルスは姿を見せず、一行は拍子抜けしたままツアーを続ける。

　その夜、ネドリーは計画を実行する。島全体のセキュリティシステムと電気柵を停止させ、胚を持って脱出しようとするが、大雨で道に迷ってしまう。途中でディロフォサウルスに遭遇し、小型だから危険はないと油断した結果、毒液を顔へ吐きかけられて視界を奪われる。車へ逃げ込んだものの、そのまま襲われて命を落とし、盗んだ胚も泥の中へ消えてしまう。

　ネドリーの死によってシステムは停止したままとなり、ティラノサウルスを囲う電気柵も機能しなくなる。雨の中、ツアー車両が停止していると巨大な足音が響き、ティラノサウルスが柵を破って出現する。

　ティラノサウルスはトイレへ逃げ込んだジェナーロを便器ごと食い殺し、続いてツアー車両を激しく襲撃する。マルコムは発炎筒で恐竜の注意を引きつけるが重傷を負い、グラントは車から放り出されたティムとレックスを必死に救出する。ティラノサウルスに押された車は崖へ転落し、グラントは崖下まで降りてティムを助け出す。

　翌朝、グラントは子どもたちを連れて徒歩でビジターセンターを目指す。旅の途中で恐竜の卵を発見し、繁殖できないはずの恐竜が子孫を残している事実に気付く。カエルのDNAには環境に応じて性別を変える種類が存在し、その性質が恐竜にも現れていたのである。

　その頃、システム担当のレイ・アーノルドが電源復旧作業へ向かったまま戻らないので、サトラーは負傷したマルコムを介抱しながら、マルドゥーンとともに電源施設へ向かう。マルドゥーンはラプトルを一頭見つけて狙いを定めるが、背後へ回り込んでいた別のラプトルに襲われ命を落とす。 サトラーはラプトルに襲われた彼の切断された腕だけを発見する。辛うじて施設へたどり着き、ブレーカーを手動で復旧させることに成功する。

　一方、グラントたちは木の上で一夜を過ごし、ブラキオサウルスと触れ合ったり、ガリミムスの群れをティラノサウルスが狩る様子を目撃したりしながらビジターセンターへ向かう。

　グラントたちがビジターセンターへ戻ると、ヴェロキラプトルが建物内へ侵入していた。厨房ではティムとレックスがラプトルに追われ、冷蔵庫や棚を利用して必死に逃げ回る。レックスはコンピューターを操作してシステムを再起動し、施設内の扉を閉鎖することに成功するが、ラプトルはなおも執拗に人間たちを追い詰める。

　最後はロビーで二頭のラプトルに囲まれ、グラントたちは絶体絶命となる。しかし突然ティラノサウルスが建物へ突入し、ラプトルへ襲いかかる。巨大な肉食恐竜同士の激しい戦いが始まり、その隙を突いて脱出する。

　ハモンド、グラント、サトラー、マルコム、ティム、レックスはヘリコプターで島から脱出する。ヘリコプターは島を後にしておしまい。

　夜明け前、個人タクシー運転手の宇佐美浩二は長い勤務を終えて帰宅する。疲れ切った体で家に戻ると、娘が音楽大学付属校への推薦入学を目指せることになったという嬉しい知らせを聞く。しかし、そのためには高額な学費や諸費用が必要だと知り、家計を支える父親として複雑な思いを抱えたまま床に就く。

　そんな矢先、同業者から急な連絡が入り、対応できなくなった予約客を代わりに送ってほしいと頼まれる。宇佐美は依頼を引き受け、指定された場所へ向かうと、高野すみれという高齢女性を乗せる。

　本来であれば老人ホームへ送り届けるだけの仕事だったが、すみれは目的地へ直行する前に「東京をもう一度見て回りたい」と願い出る。人生の終わりを迎える前に、自分にとって忘れられない場所を巡りたいという申し出を受け、宇佐美は戸惑いながらも車を走らせることにする。こうして二人は、東京の街を巡る一日限りの旅へと出発する。

　移動を続ける中で、すみれは自身の半生を少しずつ語り始める。幼い頃に東京大空襲で父親を亡くし、戦後の混乱期を懸命に生き抜いたこと、やがて朝鮮人の青年と出会い、互いに惹かれ合って子どもを授かったことなど、胸に秘め続けてきた記憶を打ち明けていく。

　しかし、その穏やかな時間は長く続かず、後に再婚した男性から激しい暴力を受けるようになり、子供に対する態度などで耐え続けた末にある日怒りが爆発する。すみれは夫の股間に油をかけて、その事件によって殺人未遂の罪で起訴され、服役することになった過去まで隠すことなく明かす。

　やがて夜になり、宇佐美はすみれを老人ホームへ送り届ける。その前に二人は最後の食事を共にし、穏やかな時間を過ごす。別れ際、すみれは「ホテルに泊まりたい」と言うが宇佐美は拒否してホームへ入れる。

　数日後、宇佐美は妻を連れて老人ホームを訪れる。しかし、そこで職員からすみれが亡くなったことを知らされる。突然の訃報に言葉を失った宇佐美は、そのまま葬儀に参列することになる。葬儀会場では弁護士から声をかけられ、すみれが生前に残していた遺言書と、一億円の小切手を託される。

　エンドロールで、若き日のすみれが戦後に愛した朝鮮人の恋人と幸せそうに踊る姿が映し出されておしまい。

　デナーリス・ターガリエンは三頭のドラゴンと無垢軍団、ドスラク騎兵団を率いて、ついに祖先の故郷ドラゴンストーンへ帰還する。かつてターガリエン家の本拠地だった城へ足を踏み入れたデナーリスは、ティリオン・ラニスターを〈王の手〉に任命し、ミッサンデイ、ヴァリス、グレイ・ワームらとともに鉄の玉座奪還へ向けた作戦を開始する。

　一方、キングズランディングでは大聖堂爆破事件を経てサーセイ・ラニスターが七王国の女王として即位していた。しかしタイレル家やドーン勢力を敵に回したことで味方は限られており、頼れる存在は弟ジェイミーと、新たに同盟を結んだユーロン・グレイジョイくらいしか残されていなかった。

　北部ではジョン・スノウが〈北の王〉として諸侯をまとめていた。しかし彼にとって最大の脅威は鉄の玉座を巡る争いではなく、壁の向こうから迫りつつあるホワイトウォーカーの軍勢だった。サムウェル・ターリーからドラゴンストーン地下に大量のドラゴングラスが眠っていると知らされたジョンは、人類の未来のためにデナーリスとの同盟を求めて南へ向かう。

　その頃、アリア・スタークは〈赤い婚礼〉でスターク家を虐殺したウォルダー・フレイへ復讐を果たしていた。フレイに成り代わったアリアは宴席に集められたフレイ家の男たちへ毒入りの酒を振る舞い、一族の主要人物を一掃する。その後、彼女は故郷ウィンターフェルへ帰還し、サンサやブランとの再会を果たす。

　ドラゴンストーンで初めて対面したジョンとデナーリスは、当初は互いに譲らなかった。デナーリスは忠誠を誓うよう求め、ジョンはホワイトウォーカーという人類共通の敵の存在を訴える。しかしジョンが洞窟の壁画を見せ、はるか昔に人類と森の子らがホワイトウォーカーと戦っていた証拠を示したことで、デナーリスは次第に彼の言葉を信じ始める。

　その一方で戦況はサーセイ側へ傾いていく。ユーロン・グレイジョイの艦隊はヤーラ・グレイジョイたちを急襲し、エラリア・サンドとタイエニー・サンドを捕虜にする。サーセイは娘ミアセラを失った復讐として、エラリアの目の前でタイエニーへ同じ毒を与え、自らの怒りをぶつける。

　さらにジェイミー率いるラニスター軍はタイレル家の本拠地ハイガーデンを陥落させる。追い詰められたオレナ・タイレルは毒を飲み、自ら最期を選ぶ。そして死の直前、ジョフリー王を毒殺した真犯人が自分だったことをジェイミーへ告白する。

　怒ったデナーリスはドラゴンのドロゴンとドスラク軍を率いてラニスター軍を急襲する。ドラゴンの炎によって兵士や補給物資は次々と焼き払われ、戦場は一瞬で地獄絵図へ変わる。ジェイミーは自ら槍を手にドロゴンへ突撃するが、間一髪のところでブロンに救われる。

　ウィンターフェルではリトルフィンガーことピーター・ベイリッシュがサンサとアリアの間に不信感を植え付けようと暗躍していた。しかしブランの能力によってベイリッシュの数々の裏切りが明らかとなり、サンサは彼を裁く決断を下す。アリアはその場でベイリッシュの喉を切り裂き、陰から操ってきた男はその生涯を終える。

　サムウェルはシタデルで古文書を調査する中で、レーガー・ターガリエンとリアナ・スタークが正式に結婚していた事実を発見する。この記録はジョン・スノウの出生の秘密へと繋がっていく重要な証拠だった。

　ジョンはサーセイへホワイトウォーカーの脅威を証明するため、壁の北側へ向かい、生ける屍を捕獲するという危険な作戦を実行する。ジョラー・モーモント、ハウンド、ジェンドリー、ベリック、ソロスらとともに進軍するものの、彼らは死者の軍勢に包囲され孤立してしまう。

　救援に駆けつけたデナーリスは三頭のドラゴンで死者を焼き払うが、夜の王が放った氷の槍によってヴィセーリオンが撃墜される。湖へ沈んだドラゴンはその後、夜の王によって蘇生され、青い炎を吐くアンデッド・ドラゴンへと変貌する。

　キングズランディングで開かれた停戦会談では、ジョンたちは捕獲したワイトをサーセイへ見せ、人類同士の争いを一時停止して北へ援軍を送るよう求める。サーセイは表向きには協力を約束するものの、実際には軍を動かすつもりはなく、密かに黄金兵団を雇う計画を進めていた。この方針に失望したジェイミーは姉のもとを離れ、北へ向かう決断を下す。

　その頃、ジョンとデナーリスは互いに強く惹かれ合い、ついに結ばれる。しかし同時にブランとサムの会話によって、ジョンの本名がエイゴン・ターガリエンであり、レーガー・ターガリエンとリアナ・スタークの嫡出子であることが明らかになる。ジョンはネッド・スタークの私生児ではなく、ロバート・バラシオンから命を守るためネッドが自らの子として育てていた存在だった。そして彼はデナーリスの甥であり、鉄の玉座の正統な継承権を持つ人物でもあった。

　そしてシーズンのラストでは、夜の王は蘇生したヴィセーリオンに乗って壁へ到達する。青い炎によって長年人類を守り続けてきた巨大な壁は崩壊し、死者の軍勢はついにウェスタロスへの侵攻を開始する。王座を巡る争いは終わりを迎えようとしていた一方で、世界そのものの存亡を懸けた戦いが目前まで迫っていた。でおしまい。