ロサンゼルスで、レイ・メリーメン率いる強盗団が現金輸送車を襲撃する。メリーメン、ボー・“ボスコ”・オストロマン、レヴィ・エンズリンらは警備員を襲撃し、現金輸送車を奪う。警備員が抵抗したため銃撃戦になり、警察も現場へ到着する。メリーメンたちは警察官と銃撃戦を繰り広げながら現金輸送車で逃走するが、輸送車の中には現金が積まれていなかった。

　翌朝、ロサンゼルス郡保安局の重大犯罪特捜班を率いるニック・オブライエンが現場を調べる。ニックは以前からメリーメンたちを捜査しており、今回の襲撃にもメリーメンが関わっていると判断する。ニックはバーで働くドニー・ウィルソンを連行して尋問する。ドニーはメリーメンに運転手として雇われ、現金輸送車襲撃に関わったことを認める。

　メリーメンたちは、次の強盗に向けて準備を進める。標的はロサンゼルスの連邦準備銀行で、そこには廃棄予定の紙幣が保管されている。メリーメンたちは現金輸送車を利用して連邦準備銀行へ入り、紙幣を持ち出す計画を立てる。

　ドニーは出前の仕事を利用して連邦準備銀行へ出入りし、建物内部を確認する。さらにトイレの天井裏に食べ物を隠し、後の計画で使用する準備を進める。

　ニックはメリーメンたちの動きを追い、強盗計画について調べる。メリーメンの恋人からも情報を得て、メリーメンたちが金曜日に銀行を襲撃することを把握する。

　金曜日、メリーメンたちはピコ・リベラの銀行を襲撃する。行員を人質に取り、警察に現金と逃走用のヘリコプターを要求する。警察が銀行を包囲すると、メリーメンたちは人質の一人を殺害したように見せかける。ニックたちは銀行内部へ突入する。

　しかし、銀行内にメリーメンたちから姿を消す。人質は生存しており、殺害されたように見えた人物も生きている。メリーメンたちは金庫付近を爆破し、床下から地下道へ抜けて銀行から脱出していた。ピコ・リベラの銀行強盗は、警察を別の場所へ引きつけるための陽動だった。

　メリーメンたちは現金輸送車を使って連邦準備銀行へ向かう。正規の搬入口から施設内へ入り、警備員を装って現金を運び込む。

　ドニーは現金を運ぶ台車の中に隠れて連邦準備銀行へ入る。建物内部で停電が発生すると、職員が持ち場を離れる。ドニーはその間に現金を扱う場所へ移動し、廃棄予定の紙幣を袋へ詰める。さらに監視カメラを停止させ、回収した紙幣を廃棄物として搬出できる状態にする。

　ドニーは現金の入った袋を廃棄物に紛れ込ませる。その後、空調ダクトを通ってトイレへ移動し、事前に天井裏へ隠していた出前の食べ物を取り出す。出前の配達員を装って建物から出ようとするが、警備員に止められる。ドニーはその場から逃げる。

　連邦準備銀行から廃棄物を運び出すトラックが出発する。メリーメンたちはトラックを追い、現金が積まれていることを確認する。

　一方、ニックたちはドニーを捕まえて、尋問し、メリーメンたちの逃走先を聞き出す。

　メリーメン、ボスコ、レヴィは廃棄物トラックから現金を回収し、車で逃走。道路が渋滞して車が停止してるところに、ニックたちが到着し、道路上で銃撃戦が始まる。

　レヴィとボスコが銃撃を受けて死亡。メリーメンは車から逃げて徒歩で移動する。ニックが後を追い、フェンス越しにメリーメンを撃つ。メリーメンは負傷するが、ニックに銃を向ける。しかしメリーメンの銃には弾が残っておらず、ニックがメリーメンを撃ち、メリーメンは死亡する。

　ニックはメリーメンたちが使用していた車を調べる。車内の袋には大量の現金ではなく、細かく裁断された紙が入っている。連邦準備銀行から持ち出された本物の現金は、メリーメンたちの車には残っていない。

　さらに、拘束していたドニーが逃げていることが判明する。ニックはドニーのバーへ向かうが、ドニーはすでに姿を消している。ニックは店内に残されたものを調べ、ドニーが連邦準備銀行の内部について情報を集めていたことを確認する。

　その後、ドニーがメリーメンたちとは別に本物の現金を持ち出していたことが明らかに。メリーメンたちが警察との銃撃戦を続けている間に、ドニーは現金を持って逃げていた。メリーメンたちが最後に運んでいた袋には裁断された紙だけが残されていた。

　その後、ドニーはロンドンへ移動し、バーで働いている。店の向かいにはダイヤモンド取引所があり、ドニーは店に入ってきた男性に勤務先を尋ねる。その男性がダイヤモンド取引所で働いていることを確認すると、ドニーは男性にビールを渡し、次の標的を探していることを示しておしまい。

　2006年、イラクでトラック運転手として働くアメリカ人のポール・コンロイは、暗闇の中で目を覚ます。両手を縛られ、口には布が入れられている。ライターで周囲を照らすと、木製の棺の中に入れられ、地中に埋められていることが分かる。ポールは拘束を解き、口から布を取り出す。棺の中にはライターと携帯電話が置かれている。

　ポールは携帯電話を使って外部へ連絡する。911へ電話し、自分がイラクで生き埋めにされていることを伝える。通話先から質問を受けるが、ポールは自分がいる場所を正確には説明できない。続いてFBIにも電話をかけるが、すぐに救出へつながることはない。

ポールは携帯電話の連絡先を調べ、勤務先にも電話をかける。さらに妻リンダへ連絡しようとするが、直接話すことができない。その後、携帯電話に男から電話がかかってくる。男はジャビールと名乗り、ポールに500万ドルを要求する。金を支払わなければ棺の中に残して死なせると伝える。

　ポールは棺の中に置かれていた道具を調べる。ライターのほか、故障した懐中電灯、発光スティック、アルコールの入った容器、ナイフなどが入っている。携帯電話には身代金要求のために読む文章も用意されている。

　ポールは国務省へ連絡する。国務省は、政府はテロリストに身代金を支払わない方針だと伝えたうえで、ポールの救出に向けて動くと説明する。その後、ポールは人質対応を担当するダン・ブレナーと話すことになる。ブレナーはポールに携帯電話の電池を節約するよう伝え、ジャビールから要求されている身代金動画を撮影しないよう指示する。

　ブレナーはポールに、3週間前にマーク・ホワイトという男性を同じような状況から救出したと話す。マーク・ホワイトは家族のもとへ戻ったと説明する。

　ポールは母親にも電話をかける。母親は施設に入っており、ポールとの会話が成立しにくい状態になっている。

　ジャビールから再び電話がかかってくる。ジャビールはポールに身代金を要求する動画を撮影するよう指示する。さらに、ポールの同僚パメラの写真を携帯電話へ送る。写真のパメラは口を塞がれ、銃を向けられている。ジャビールはポールが要求に従わなければパメラを殺すと伝える。

　ジャビールは身代金の要求額を500万ドルから100万ドルへ変更してくる。ポールは携帯電話で身代金要求の動画を撮影する。動画をジャビールへ送った後、パメラが殺害される映像がポールの携帯電話へ送られてくる。

　ポールはブレナーに連絡する。ブレナーはポールが身代金動画を撮影したことを把握している。動画はインターネットやテレビで公開されている。

　その後、ポールのいる場所で爆発が起きる。爆発によって棺が損傷し、隙間から砂が入り始める。ポールは棺の中にある道具を使いながら、携帯電話で外部との連絡を続ける。

　勤務先からも電話がかかってきて、会社側は、ポールが同僚のパメラと会社の規則で禁止されている関係を持っていたとして、ポールを解雇したと伝える。さらに、会社はポールの拘束について責任を負わず、家族への福利厚生や年金についても支給されないと説明する。　

　ブレナーはポールへ電話をかけ、先ほどの爆発がF-16による爆撃だったと伝える。ポールを誘拐した武装勢力が爆撃によって死亡した可能性があることも伝える。

　ポールは携帯電話を使って遺言の動画を撮影する。妻リンダに貯金を残し、息子には自分の衣服を残す内容を記録する。

　ジャビールから再び電話がかかってくる。ジャビールはポールに自分の指を切断するよう要求する。要求に従わなければ家族の住所を明らかにすると伝える。ポールは棺の中にあるナイフを使い、自分の指を切断する。その様子を携帯電話で撮影してジャビールへ送る。

　その後、ポールの携帯電話が鳴る。電話から人の声と土を掘る音が聞こえ、ポールのいる棺の蓋が開く場面が現れる。しかし、その場面は実際に救出された場面ではなく、ポールが見ている幻覚として描かれる。

　ブレナーから電話がかかってきて、武装勢力側からポールが埋められている場所について情報を得たと伝える。救出隊がその場所へ向かうことをポールに伝える。

　ポールは妻リンダから電話を受ける。リンダと会話をした後、ポールは携帯電話でブレナーと連絡を続ける。

　棺の中には砂が入り続ける。ブレナーは救出隊が現場に到着したとポールへ伝える。ポールは電話越しに土を掘る音を聞く。しかし、ポール自身が入っている棺の周囲からは掘削音が聞こえない。救出隊は地中から棺を掘り出し、蓋を開ける。しかし、そこに入っていたのはポールではなくマーク・ホワイトだった。ブレナーはマーク・ホワイトの遺体を確認する。ポールは自分のいる場所が救出隊に発見されていないことを知る。

　ポールの棺にはさらに大量の砂が入り込む。砂が身体を覆い、棺の中で動ける空間がなくなっていく。ブレナーは電話越しにポールへ謝罪する。ポールの姿が砂に埋まり、ライターの明かりが消える。ポールは棺の中で埋もれておしまい。

　福井県敦賀半島沖で国籍不明の潜水艦が座礁する。福井県警が潜水艦を調べると、艦内から大型の銃器や死体が発見される。潜水艦からは戦闘服を着た複数の男が上陸しており、周辺へ逃走していたことが判明。福井県警は潜水艦の乗組員とみられる男を拘束して取り調べを行い、北東人民共和国の特殊作戦部隊が日本国内に侵入したことを把握する。侵入した部隊は武装しており、警察だけでは対応が難しい事態になっていく。

　首相の諸橋揆一郎は、まず警察によって武装工作員を制圧する方針を取る。警察は特殊部隊を現地に投入し、敦賀半島に逃げ込んだ武装工作員の捜索を開始する。特殊部隊には武装工作員を射殺する命令が出されるが、その後、政府の判断によって射殺命令が解除される。

　その直後、特殊部隊が武装工作員と接触する。武装工作員側から攻撃を受け、特殊部隊員が死亡。警察による対応だけでは事態を収束できない状況となり、首相官邸では自衛隊を出動させるかどうかの協議が始まる。

　政府内では、自衛隊を外国の武装部隊に対して使用することについて議論が続く。自衛隊を投入すれば、北東人民共和国から日本の軍事行動と受け取られる可能性があり、武器を使用できる範囲についても問題になる。防衛庁、外務省、警察庁などの関係者が対応を協議するが、現場の自衛隊が武装工作員から攻撃を受けた場合に、どこまで反撃できるのかが大きな問題に。

　敦賀半島では武装工作員の捜索が続き、その過程で民間人の犠牲者も発生する。警察だけで武装工作員を制圧することが困難になり、諸橋首相は自衛隊の治安出動を決定する。陸上自衛隊の部隊が敦賀半島へ投入される。　

　自衛隊と武装工作員の交戦が始まり、自衛隊側にも犠牲者が出る。武装工作員は攻撃を続け、自衛隊はその対応に追われる。現場では部隊を動かすための判断が必要になる一方、政府側では武器使用の法的な扱いについての検討が続く。

　そのころ、北東人民共和国側の動きにも変化が起きる。日本政府が自衛隊を出動させたことを受け、北東人民共和国が日本に対する軍事行動を取る可能性が高まる。さらに北東人民共和国が核ミサイルの発射態勢に入ったという情報が日本政府に入る。首相官邸の危機管理センターでは、核攻撃に発展する可能性を含めた対応が進められる。

　北東人民共和国の動きに合わせて、アメリカ・中国なども軍事態勢を動かし始める。敦賀半島では武装工作員への対応が続く一方、国外では日本と北東人民共和国の対立が周辺国を巻き込む事態へと発展していく。

　敦賀半島では自衛隊が武装工作員への対応を続け、ヘリコプターのバルカン砲の仕様により侵入した部隊を制圧する。一方、北東人民共和国では核ミサイルの発射態勢が続いている。

　この状況で内閣情報調査室長の瀬川は北東人民共和国側に対して、アメリカが北東人民共和国の首脳部を爆撃するという情報を流す。北東人民共和国側はその情報を受け、核ミサイルの発射態勢を解除する。

　北東人民共和国による核ミサイルの発射態勢が解除されたことで、日本への核攻撃は回避される。敦賀半島に侵入した武装工作員への対応も終わり、日本と北東人民共和国の軍事衝突も回避される。

　一連の事態が収束した後、諸橋首相は今回の危機への政治的責任を取り、辞任を発表。最終的に核攻撃が回避されておしまい。

　1939年、日本では日独伊三国軍事同盟の締結をめぐる議論が続いていた。陸軍やマスコミを中心に同盟締結を求める動きが強まるなか、海軍大臣の米内光政、海軍次官の山本五十六、軍務局長の井上成美は三国同盟に反対する。

　三国同盟を結べば、日本とアメリカの関係がさらに悪化し、戦争へ進む可能性が高まる。米内、山本、井上はその危険を指摘し、同盟締結に反対を続ける。この時点では三国軍事同盟の締結は実現しなかった。

　その後、山本五十六は聯合艦隊司令長官に就任し、旗艦「長門」に着任する。一方、ヨーロッパではドイツ軍が勢力を拡大し、日本国内でも再び日独伊三国同盟を求める動きが強まっていく。

　1940年9月、日本はドイツ、イタリアとの間で日独伊三国同盟を締結する。山本たちが反対していた同盟は成立し、日本とアメリカの関係はさらに緊張していく。

　海軍内部の動きと並行して、新聞社の様子も描かれる。東京日報の記者・真藤利一は戦争に関する記事を扱い、主幹の宗像景清のもとで働いている。新聞は戦争に関する情報を国民へ伝える立場にあり、戦争へ向かう国内の状況とともに、新聞社の動きも物語の中で進んでいく。

　やがて日米関係は悪化し、日本はアメリカとの開戦へ進む。聯合艦隊司令長官である山本は、日本海軍の作戦を指揮する立場となる。そして、ハワイの真珠湾を攻撃する作戦が進められる。

　1941年12月8日、日本海軍の航空部隊は太平洋上の航空母艦から発進し、ハワイ・オアフ島の真珠湾を攻撃する。日本海軍は多数の航空機を投入し、真珠湾に停泊していたアメリカ太平洋艦隊を攻撃する。この真珠湾攻撃によって、日本とアメリカの戦争が始まり、太平洋戦争は本格的な戦闘へ入っていく。

　開戦後、日本軍は太平洋各地で作戦を展開する。山本は聯合艦隊司令長官として海軍の指揮を続け、アメリカ海軍との戦いに備える。そして次の大きな作戦として、ミッドウェー島をめぐる作戦が進められる。

　1942年6月、日本海軍とアメリカ海軍の間でミッドウェー海戦が起こる。日本海軍は作戦を実行するが、戦闘の結果、大きな損害を受ける。この海戦を境に、太平洋戦争の戦局は変化していく。

　ミッドウェー海戦の後も太平洋での戦闘は続き、山本は引き続き聯合艦隊司令長官として指揮を執り、各地で戦闘を続ける日本海軍を統率する。

　1943年4月、山本はソロモン諸島方面の前線を視察するため、航空機で移動することになる。しかし、日本軍の通信内容から山本の移動予定を把握していたアメリカ軍は、山本の乗る航空機を攻撃するため戦闘機を向かわせる。

　山本は一式陸上攻撃機に搭乗し、護衛機とともに飛行するが、飛行中にアメリカ軍の戦闘機による攻撃を受ける。攻撃を受けた山本の搭乗機はブーゲンビル島に墜落し、山本五十六は戦死。

　山本の死後も太平洋戦争は続いて、1945年、日本は敗戦しておしまい。

　キエフのオペラハウスでテロ事件が発生する。CIA工作員の名もなき男は武装部隊に紛れて建物内へ入り、仲間とともにテロリストを制圧しながら、ロシア人工作員から情報を得るための作戦を進める。作戦中、名もなき男は仲間を逃がすために行動したことで捕らえられ、拷問を受ける。情報を守るため自殺用のカプセルを飲むが、それは本物の毒ではなく、忠誠心を確認するための偽薬だった。名もなき男は任務を継続する資格を得て、通常とは異なるエントロピーを持つ物体について調査を始める。

　研究施設で名もなき男は、銃から発射された弾丸とは逆に、壁にめり込んでいた弾丸が銃へ戻っていく現象を確認する。科学者から、その弾丸はエントロピーが逆転した「逆行物体」であり、特殊な装置を使えば人間も逆行できると説明される。名もなき男は、未来から現在へ送られている物体や情報を利用した計画が進んでいることを知り、第三次世界大戦につながる計画を阻止する任務を受ける。

　名もなき男はニールと組み、インドのムンバイへ向かう。二人は武器商人サンジェイ・シンと接触し、ムンバイの高層ビルにいる情報提供者からロシア人富豪アンドレイ・セイターに関する情報を得る。セイターは逆行物体を扱っており、名もなき男はセイターの活動を調べるため、セイターの妻キャサリン・バートンに接触する。

　キャサリンは美術鑑定士で、以前、画家アレポが制作したゴヤの贋作を本物と鑑定していた。セイターはその贋作を購入しており、キャサリンが贋作だと知っていることを利用して彼女を支配していた。名もなき男はキャサリンからセイターについての情報を得て、セイターが利用する美術品保管施設へ接近する。

　名もなき男とニールは、オスロ空港にあるフリーポートへ侵入する。二人は航空機を建物に衝突させる陽動を使って施設へ入り、内部の保管区域へ向かう。そこでターンスタイルと呼ばれる装置を発見する。ターンスタイルは物体や人間のエントロピーを逆転させる装置であり、名もなき男はそこで逆行状態の人物と格闘する。その人物はマスクを着けており、名もなき男は正体を確認できない。

　名もなき男は、キエフのオペラハウスで回収された物体や、その後に各地で確認された物体が、未来の人間と関係していることを知る。それらは「アルゴリズム」と呼ばれる装置の一部だった。未来の科学者が作ったアルゴリズムには、世界全体のエントロピーを逆転させる機能がある。科学者はその危険性を認識し、アルゴリズムを九つに分解して過去の各地へ隠した。未来の人間たちは、過去に送った情報を利用してセイターに九つの部品を集めさせていた。

　セイターはソ連の閉鎖都市スタルスク12で働いていた際、未来から送られた金と情報を発見する。その後、未来から送られる指示を利用してアルゴリズムの部品を集める。未来では環境の悪化によって人類が生存しにくい状況になっており、未来の人間たちは過去の世界のエントロピーを逆転させることで状況を変えようとしていた。

　名もなき男とニールは、タリンで輸送車列を襲撃する計画を実行する。セイターも輸送車列を狙っており、アルゴリズムの部品を奪おうとする。名もなき男はケースを確保して中身を別の場所へ移すが、セイターはキャサリンを人質に取る。セイターはターンスタイルを通過して逆行状態になり、逆行弾を使ってキャサリンを撃つ。逆行弾が体内に残ったことでキャサリンは重傷を負う。

　名もなき男たちはキャサリンを救うため、ターンスタイルを使って逆行する。逆行した名もなき男は、時間をさかのぼって輸送車列が襲撃された時点へ戻る。セイター側の車両を追跡する中で、名もなき男は自分自身と同じ場所に存在することになる。セイターは名もなき男が隠したアルゴリズムの部品を奪い、名もなき男の乗った車両を横転させる。セイターは横転した車両に火をつけ、逆行状態の名もなき男を殺そうとするが、ニールが名もなき男を救出する。

　名もなき男、ニール、キャサリンはさらに時間をさかのぼり、オスロ空港のフリーポートへ戻る。ターンスタイルを通過して順行状態へ戻り、キャサリンの体内に残っていた逆行弾の影響を取り除く。名もなき男は、以前フリーポートで戦った逆行状態の人物が自分自身だったことを理解する。

　その後、セイターがアルゴリズムの九つの部品をすべて集め、スタルスク12へ運ぶ計画が判明する。セイターは自分の死と同時にアルゴリズムの位置を未来へ知らせる仕組みを用意していた。セイターが死亡すると、アルゴリズムの位置を示す情報が未来へ送られ、未来の人間がアルゴリズムを回収できる状態になる。セイターには末期の病気があり、ベトナムでキャサリンと過ごした時間を自分の最後の時間に設定する。

　TENETはセイターがアルゴリズムを使用する前に回収するため、スタルスク12で時間挟撃作戦を実行する。部隊は赤チームと青チームに分かれ、赤チームは順行状態、青チームは逆行状態で同じ時間帯の戦場を進む。青チームは逆行して戦場を確認し、その情報を利用して赤チームと連携する。

　スタルスク12では赤チームがセイターの部隊を攻撃する一方、青チームは逆行状態で同じ戦場を反対方向へ進む。セイターの部下ヴォルコフはアルゴリズムを地下施設へ運ぶ。名もなき男とアイヴスは地下施設へ入り、ヴォルコフを追跡する。

　ヴォルコフは地下施設の最深部へアルゴリズムを運び、装置を設置する。名もなき男とアイヴスは地下の部屋へ入り、アルゴリズムを回収する。しかし出口の扉が閉じられており、二人は内部に閉じ込められる。ヴォルコフは二人を殺そうとする。

　そのとき、地下に倒れていた逆行状態の兵士が起き上がり、扉を開ける。名もなき男とアイヴスは部屋から脱出し、アルゴリズムを回収する。兵士はヴォルコフに撃たれて死亡する。その兵士の装備に付いていた特徴的な紐を名もなき男が確認する。

　一方、ベトナムではキャサリンがセイターのヨットへ向かう。セイターはアルゴリズムの位置を確保した状態で死亡するため、名もなき男たちがスタルスク12で作戦を進めている時間に合わせて自分の死を実行しようとしている。キャサリンは、セイターを射殺する。セイターが死亡したことでデッドマンスイッチが作動するが、スタルスク12では名もなき男とアイヴスがアルゴリズムを回収している。

　地下施設では爆発が発生。名もなき男とアイヴスはアルゴリズムを持って地下施設から脱出する。ニールは逆行状態から順行状態へ戻り、車両を使って二人を救出する。アルゴリズムはセイター側へ渡らず、TENET側が確保する。

　作戦終了後、名もなき男、ニール、アイヴスはアルゴリズムを三つに分け、それぞれを別々に隠す。名もなき男はニールのバッグに付いている紐を確認し、スタルスク12の地下で扉を開けた兵士がニールだったことを知る。

　ニールは、名もなき男が自分をTENETの活動へ参加させたことを話す。ニールにとって名もなき男との関係は今回の作戦以前から続いており、名もなき男にとっては今回の出会いがニールとの関係の始まりになる。ニールは再び逆行し、スタルスク12へ戻る。地下施設へ入り、扉を開け、ヴォルコフに撃たれることで、すでに起きた出来事を成立させる。

　ロンドンではキャサリンが息子と生活している。プリヤはキャサリンがTENETについて知ったことから、キャサリンを殺害しようとする。名もなき男はプリヤの計画を把握し、プリヤを射殺する。キャサリンと息子はその場を離れておしまい。

　台北のパン屋で働くアシェンは、叔母が経営する店でケーキ職人として働いている。アシェンはリリーや音楽活動をしているシャオシューと同じアパートで暮らしている。

　ある日、パン屋に小学校時代の同級生だったリーホァがやって来る。現在のリーホァは美容師として働いているが、アシェンのことを覚えていない。アシェンはリーホァがパン屋で買い物をする姿を店の中から見ている。

　子供のころ、アシェンとリーホァは透明人間の存在を信じ、その行方を一緒に探していた。リーホァが小学校を卒業するころに姿を消したことも、アシェンは覚えている。再会したリーホァに自分のことを伝えるため、アシェンは小学校時代の出来事を書いた手紙を用意し、パン屋の従業員に頼んでリーホァへ届ける。

　アシェンは以前から歌唱コンテストへの出場を考えており、シャオシューの協力を得ながら歌の練習をする。やがてテレビの歌唱コンテストに出場し、伍佰の「牽掛」を歌うことになる。

　一方、アシェンと同じアパートで暮らすリリーは、街でポケベルを拾う。ポケベルに届く呼び出しをきっかけに持ち主へ連絡し、チアオ・シューペイという男性と電話で話すようになる。

　リリーはチアオ・シューペイと直接会わないまま電話で話し続ける。チアオ・シューペイはリリーに会うことを求め、2人は会う約束をする。リリーは実際に会うために準備を始め、約束の日までダイエットを続ける。

　約束の日、リリーは台北市立動物園へ向かい、チアオ・シューペイと会う。電話で聞いていた声の持ち主と直接会ったことで、それまで電話を通して作られていた相手のイメージと実際の姿が異なることが明らかになる。

　もう一人の主人公であるアソンは、防犯用品を販売する訪問セールスマンとして働いている。アソンはリーホァの美容院を訪れ、商品を売ろうとするが、うまく話を切り出せず、そのまま髪を切ってもらうことになる。

　その最中、美容院に一人の女性が入ってくる。女性はリーホァを自分の夫と関係を持つ女性だとして責め、リーホァに暴力を振るう。アソンは自分が販売している防犯用のガス銃を取り出してリーホァを助ける。

　アソンとリーホァは美容院から逃げ、大楼の屋上へ移動する。アソンは屋上で、自分の誕生日に用意していたものを使って紙のケーキを作る。リーホァはそのケーキを使ってアソンの髪を切る。

　リーホァには夫のいる男性との関係があり、その男性から別れを告げる手紙が届く。リーホァとアソンが美容院から屋上へ逃げた出来事とは別に、アシェンは歌唱コンテストへの出演を続ける。

　歌唱コンテストのステージに立ったアシェンは、伍佰の「牽掛」を歌う。その姿はテレビを通して放送され、シャオシューも街中の大型スクリーンに映し出されたアシェンの姿を見る。

　リーホァもテレビでアシェンの歌唱を見る。小学校時代の同級生だったアシェンと再会していたリーホァに、テレビで歌うアシェンの姿が重なる。

　リリーはハンバーガーをドカ食いしているところに落ちているケータイを見つけて、リーホァは新作のケーキ、透明人間の足跡を開発しておしまい。

　ユンジュは大学の非常勤講師で、教授職に就くため、学部長への賄賂を用意しようとしている。妊娠中の妻ウンシルとマンションで暮らしているが、近隣の犬の鳴き声に悩まされていた。

　ある日、ユンジュはマンションの廊下でシーズーを見つけ、鳴き声の主だと思い込む。犬を屋上へ連れていき、投げ落とそうとするが、老女が現れたため中断する。その後、犬を地下室の物置にある戸棚へ閉じ込める。しかし、犬の鳴き声は止まらない。ユンジュは別の犬が鳴いていることに気づき、地下室へ戻るが、清掃員が現れたため身を隠す。清掃員は戸棚から犬の死体を取り出し、料理しようとする。

　マンションの管理事務所で働くヒョンナムは、テレビで強盗を捕まえた銀行員が報道されるのを見て、自分も人々から注目されたいと考えている。ある日、少女が飼い犬のシーズー「ピンドリ」を探すため、ヒョンナムに捜索用のビラを渡す。ヒョンナムはマンション内にビラを貼り、犬を探し始める。

　ユンジュは、鳴き声を出している犬が老女の飼い犬だと知り、その犬を捕まえる。犬を屋上へ連れていき、下へ投げ落とす。向かいの建物の屋上にいたヒョンナムは、双眼鏡でその様子を目撃する。ヒョンナムは犯人を追いかけるが、途中で転倒し、取り逃がしてしまう。犬の飼い主である老女は、犬の死体を見て倒れ、病院へ運ばれる。

　ヒョンナムは清掃員に犬の埋葬を頼むが、清掃員は犬を掘り起こし、料理に使おうとする。清掃員が調味料を取りに行った間に、地下室で暮らすホームレスの男が料理を食べてしまう。マンションでは犬の失踪や死骸をめぐる出来事が続き、ヒョンナムは捜索を続ける。

　ユンジュの妻のウンシルは仕事を失い、退職金を受け取る。ある日、ウンシルはトイプードルを買って帰り、「スンジャ」と名付ける。ユンジュは犬を散歩に連れていくが、公園で目を離した隙にスンジャがいなくなってしまう。ウンシルは犬を失くしたユンジュを責める。ユンジュが犬を買ったことを非難すると、ウンシルは退職金の一部で犬を購入し、残りを教授職のために渡すつもりだったと説明する。ユンジュはスンジャの捜索ビラを作り、ヒョンナムに協力を求める。

　一方、ヒョンナムは管理事務所で仕事の怠慢を注意される。その後、犬を失った老女が亡くなり、屋上に干してある大根をヒョンナムに譲るという手紙を残していたことがわかる。ヒョンナムが屋上へ大根を取りに行くと、地下室で暮らすホームレスの男がスンジャを連れているのを発見する。男は犬を捕まえており、ヒョンナムはスンジャを取り戻そうとする。男はヒョンナムを追いかけるが、駆けつけた親友のチャンミが男を倒す。男は警察に連行され、ヒョンナムはスンジャをユンジュのもとへ返す。

　ヒョンナムは犬の失踪事件が報道されるニュースを見るが、自分の活躍は取り上げられていない。後日、道端で酔っているユンジュを見つける。ユンジュは、一緒に走って、追いかけられた時を思い出させようとして、以前に屋上から犬を投げ落としたのが自分だったとヒョンナムに告白する。

　その後、ユンジュは大学教授に就任し、大学で授業を行う。一方、ヒョンナムはチャンミと一緒に山へ出かけ、山道を歩いていく。教授として大学で教えるユンジュと、友人と山歩きをするヒョンナムの姿が描かれておしまい。

　トーリン・オーケンシールド率いるドワーフ一行は、ビルボ・バギンズとガンダルフとともに、スマウグに奪われた故郷エレボールを取り戻すため旅を続けている。アゾグ率いるオークたちに追われる一行は、森の中を進んでいる途中で巨大な熊に遭遇する。熊から逃げた一行は一軒の家に入り、そこに住むビヨルンと出会う。ビヨルンは人間の姿と巨大な熊の姿を行き来する人物で、オークを敵視している。ガンダルフはビヨルンに事情を説明し、一行は彼の家で夜を過ごす。翌朝、ビヨルンは一行に馬を貸し、闇の森の入口まで送り出す。

　闇の森へ入る前に、ガンダルフは一行と別れる。森の近くにある古い遺跡を調べたガンダルフは、南方で起きている異変を調べるため、一人で別の場所へ向かうことにする。トーリンたちはガンダルフから、森の中で道を外さないこと、目的地へ着くまで旅を続けることを指示される。

　ガンダルフと別れたトーリンたちは闇の森へ入る。しかし、森の中を進むうちに道を外れ、巨大な蜘蛛の群れに襲われる。蜘蛛はドワーフたちを糸で縛り上げ、木々の間へ運んでいく。ビルボは指輪を使って姿を隠し、蜘蛛を攻撃する。ビルボは蜘蛛を倒し、捕らえられていたドワーフたちを助ける。

　その直後、闇の森のエルフたちが現れ、蜘蛛を退ける。エルフたちはドワーフたちを捕らえ、森の王スランドゥイルのもとへ連れていく。指輪で姿を隠していたビルボは捕まらず、エルフたちの後を追う。

　スランドゥイルはトーリンたちから旅の目的を聞く。トーリンはエレボールを取り戻すために旅をしていることを明かすが、スランドゥイルはドワーフたちを牢獄へ入れる。ビルボは牢獄の鍵を手に入れ、ドワーフたちを脱出させる。さらに、エルフたちが運んでいた樽を利用し、ドワーフたちを樽の中へ入れて川へ流す。ビルボも樽に入り、一行は川を下って闇の森から脱出する。

　川を下る途中、ドワーフたちはボルグ率いるオークたちに襲われる。オークを追ってエルフたちも川へ入り、ドワーフ、エルフ、オークが川の上で戦う。ドワーフたちは樽に乗ったまま川を下り、エルフたちはオークを攻撃する。キーリはボルグの放った矢を受けて負傷する。一行はオークから逃れ、湖の町エスガロスを目指す。

　一方、ガンダルフはラダガストと合流し、古い墓を調べる。そこにはかつて指輪の幽鬼となった者たちが葬られていたが、墓は空になっている。ガンダルフは指輪の幽鬼が戻っていることを確認し、ラダガストにその情報を伝えるよう指示する。その後、ガンダルフはドル・グルドゥアへ向かう。

　トーリンたちは湖の町へ向かう途中、船を操るバルドと出会う。バルドは一行を船に乗せ、湖の町へ運ぶ。町へ入ったドワーフたちは町の統領のもとへ連れていかれる。トーリンは自分がエレボールの王位継承者であることを明かし、エレボールを取り戻した後には町にも利益を与えると話す。統領はトーリンたちを受け入れ、旅に必要な武器や物資を用意する。

　キーリはオークの矢を受けて負傷していたため、エレボールへ向かう一行から外れる。フィーリ、オイン、ボフールもキーリとともに湖の町へ残る。バルドはキーリを自宅へ運び、傷の手当てをさせる。

　バルドは、かつてスマウグがデイルを襲った際に使われた黒い矢を保管している。黒い矢は通常の矢よりも大きく、スマウグを倒すために使われる武器だった。バルドはスマウグが再び現れた場合に備えて矢を用意するが、町の統領の手下に捕らえられる。その際、バルドは息子のバインに黒い矢を託す。

　そのころガンダルフはドル・グルドゥアへ入り、内部を調べる。オークたちが街部していて、戦いながら奥へ進んだガンダルフは、死人遣いと呼ばれていた存在と対面する。その存在はガンダルフの前で正体を現し、サウロンであることが明らかになる。サウロンはガンダルフを攻撃し、ガンダルフを捕らえる。

　エレボールを目指すトーリンたちは、目的地へ近づいたところで隠し扉を探す。ビルボは地図を確認し、月の光によって隠し扉の位置を見つける。トーリンが持っていた鍵を使って扉を開き、一行はエレボールの内部へ入る。

　トーリンはビルボに、財宝の中からアーケン石を探すよう指示する。ビルボは一人で広大な財宝の中へ入り、アーケン石を探す。金貨や宝物の山を進んでいくと、その下で眠っていたスマウグが目を覚ます。

　ビルボは指輪を使って姿を隠しながらスマウグから逃れる。スマウグは姿の見えない侵入者の存在に気づき、ビルボに話しかける。ビルボはスマウグと会話しながら財宝の中を移動し、アーケン石を見つけて持ち去る。

　スマウグはエレボール内部を飛び回り、ドワーフたちを追う。トーリンたちはエレボールの鍛冶場へ逃げ込み、そこでスマウグを倒す方法を探す。ドワーフたちは鍛冶場を利用して巨大な黄金像を作り、大量の溶けた金をスマウグへ浴びせる。しかしスマウグは黄金の中から姿を現し、攻撃を受けても生き残る。

　一方、湖の町ではボルグ率いるオークたちがキーリたちを襲う。フィーリ、オイン、ボフールがオークと戦い、バルドの家にいる者たちも襲撃を受ける。そこへタウリエルとレゴラスが現れ、オークたちと戦う。タウリエルは毒の矢を受けたキーリの治療を続け、レゴラスは逃げたボルグを追う。

　タウリエルはキーリの傷に処置を施す。キーリは毒の影響を受けて動けなくなっている。タウリエルは治療を続け、キーリは回復していく。一方、スランドゥイルは捕らえたオークを尋問し、南方で軍勢が動いていることを知る。スランドゥイルはエルフの王国を閉ざすことを決める。

　エレボールでは、スマウグがドワーフたちを追い続ける。トーリンたちは鍛冶場を使ってスマウグを攻撃するが、スマウグは攻撃をかわし、黄金の中から脱出する。ビルボはアーケン石を持ったままドワーフたちと合流する。

　スマウグはエレボールから飛び立ち、湖の町へ向かう。ビルボはスマウグが湖の町を攻撃することを知る。トーリンたちはエレボールに残され、ガンダルフはドル・グルドゥアで捕らえられたままとなる。スマウグは湖の町へ向かって飛んでおしまい。

　新湾岸署の開署式まで3日となり、湾岸署では新庁舎への引っ越し作業が進められていた。強行犯係係長に昇進した青島俊作は、篠原夏美や和久伸次郎らとともに引っ越し作業にあたっていた。大量の荷物を運び出しながら、署員たちは新しい湾岸署への移転準備を進めている。

　そんな中、管内で金庫破りやバスジャックなどの事件が相次いで発生する。しかし、金庫破りでは金庫が開けられたにもかかわらず現金が持ち去られず、バスジャックでも犯人は乗客から何も奪わずに立ち去る。通常の強盗事件とは異なる事件が続く中、さらに湾岸署から拳銃3丁が盗まれていることが判明する。

　そして健康診断の結果、青島が難病である可能性が示唆される。

　盗まれた拳銃の一丁が殺人事件に使用され、さらに別の拳銃も事件に使用されたことで、警察は本格的な捜査を開始する。警視庁からは鳥飼誠一が管理補佐官として湾岸署に入り、青島とともに事件を追うことになる。

　その後、インターネット上に「ノライヌ」と名乗る人物が現れ、事件への関与を示す書き込みを行う。ノライヌは、これまで青島が逮捕した9人の犯罪者を解放するよう警察に要求する。要求を受け入れなければ、盗んだ拳銃や新湾岸署に仕掛けたものを使うと警告する。

　要求された9人のうち、田中文夫、岩瀬修、現金輸送車強奪犯、柏田郁夫、坂下始はすでに刑期を終えて出所していた。野口達夫は収監中だったが精神状態を理由に釈放対象から外され、鏡恭一も釈放を拒否する。そのため、実際に釈放の対象となるのは日向真奈美と増田喜一の2人となる。

　捜査では、日向真奈美のファンサイトが重要な手掛かりになる。サイトには、日向の健康状態など、日向の近くにいる人物でなければ知ることが難しい情報が書き込まれていた。警察が日向の周辺を調べた結果、関東中央医療刑務所で日向を担当していたソーシャルワーカーの須川圭一が浮上する。須川は日向の担当を離れた後、インターネット上で「ノライヌ」を名乗っていた。

　青島、鳥飼、木島丈一郎らは須川の自宅を捜索する。室内にはトランスポーターの制服、白い箱、日向真奈美の写真、日向に宛てた手紙などが置かれていた。さらに鳥飼が須川のノートパソコンを調べたところ、仕掛けられていた爆発物が作動し、鳥飼が負傷する。

　一方、警察は新湾岸署への攻撃を警戒する。鳥飼は新湾岸署のセキュリティを最高ランクに設定するよう指示するが、そのセキュリティシステムには須川側によって細工が施されていた。警察がセキュリティを強化した結果、新湾岸署の扉や設備が正常に作動しなくなり、署員たちは建物の中に閉じ込められる。

　さらに須川側から、新湾岸署に高濃度の毒ガスを仕掛けたという連絡が入る。要求した犯罪者を解放しなければガスを噴出すると警告され、警察は対応を迫られる。

　室井慎次は犯罪者の釈放について判断を求められる。警察側では、要求された人物を新湾岸署へ移送し、釈放したうえで犯人側の要求を満たし、最終的に身柄を確保する計画が進められる。鳥飼は釈放した犯罪者を射殺する案まで提示する。青島の診断は間違いだったことも判明して、青島たちは動きだす。

　釈放対象となった日向真奈美と増田喜一は、それぞれ護送車で移送される。日向の護送車には青島が同乗する。一方、増田を乗せた護送車は道路の渋滞に巻き込まれ、指定された時間までに到着できなくなる。その結果、増田の釈放は実行されず、刑務所へ戻される。

　新湾岸署では和久伸次郎が毒ガスへの対処を行う。署内にガスが流れ込むものの、人体に危険のあるガスではないことが判明する。さらに、封鎖された新湾岸署から脱出するため、セキュリティシステムを複雑に解除するのではなく、電源そのものを落とす方法が取られる。ブレーカーを落とすことでシステムが停止し、署員たちは建物から出られるようになる。

　その頃、栗山孝治は日向真奈美のファンサイトを調べ、犯人側が知っている情報を書き込んでいる人物を追跡する。書き込みから発信元を特定し、須川圭一たちの潜伏場所が判明する。篠原夏美、緒方薫、王明才らが現場へ向かい、須川たちを確保する。

　須川たちが逮捕された一方、日向を乗せた護送車は羽田空港へ向かっていた。しかし日向は空港へ向かうことを拒否し、青島に別の場所へ連れて行くよう求める。日向が指定した場所は、かつて自分が逮捕された旧湾岸署だった。

　青島は日向を連れて旧湾岸署へ向かう。旧湾岸署には爆弾が仕掛けられており、日向はその場所で爆発を起こす。旧湾岸署は爆発によって大きく損壊し、青島も爆発に巻き込まれる。

　青島は爆発した建物から日向を連れて外へ出る。日向は生存しており、青島は日向に手錠をかけて逮捕する。日向は青島に「圭一はまだいるぞ。至る所に」と告げる。

　事件後、須川圭一らも逮捕される。青島は須川の顔を見て、須川は、かつて青島が補導した少年だったことを思い出す。

　翌日、新湾岸署の開署式が行われる。青島たちは新しい庁舎で業務を開始し、湾岸署の移転も完了しておしまい。

　ダニエル・ケルナーは、ワーデックス社でサイバーセキュリティの仕事をしていた。ワーデックスは地球外生命体に関する機密情報を長年管理しており、ダニエルは社内に保管されていた資料と地球外生命体の装置を持ち出す。資料には1947年のロズウェル事件以降に記録された地球外生命体に関する情報が含まれていた。

　ダニエルはワーデックスから追われる身となり、恋人のジェーン・ブランケンシップを人質に取られる。ダニエルはジェーンと資料を交換するため、ワーデックスの最高経営責任者ノア・スキャンロンと接触する。スキャンロンは資料だけでなく、ダニエルが持ち出した地球外生命体の装置も要求する。

　ダニエルは装置を使用して追跡をかわし、ジェーンとともに逃走する。その後、ワーデックス内部の協力者ヒューゴ・ウェイクフィールドとも連絡を取り、持ち出した資料を公開するための行動を続ける。ジェーンは以前、修道女になるために過ごしていた修道院を隠れ場所として提案し、二人はそこへ向かう。

　一方、カンザスシティでは気象キャスターのマーガレット・フェアチャイルドが恋人のジャクソンと暮らしていた。ある朝、マーガレットの家に一羽の鳥が入ってくる。その直後から、マーガレットは自分が学んだ記憶のない言語を話すようになる。

　マーガレットは車で移動中に警察官から停止を求められる。すると、警察官本人しか知らない出来事について話し始める。マーガレットは警察官の私生活に関する情報を口にし、その後もテレビ局で同僚について本人から聞いていない情報を話す。

　気象番組の放送が始まると、マーガレットは突然、通常の言語とは異なる音を発する。放送終了後に倒れ、病院へ運ばれる。

　マーガレットが放送中に話した映像はインターネット上に広まり、ワーデックスもその映像を確認する。ダニエルはマーガレットが発した言葉を理解し、その内容を「知らないものを恐れないで」と解釈する。

　病院にはFBIを名乗る人物たちが現れるが、マーガレットは彼らが本物のFBIではないことを認識して、マーガレットはジャクソンと病院から逃げ、ダニエルを捜すために移動する。

　そのころダニエルとジェーンは農場に身を隠していた。ダニエルはジェーンにワーデックスから持ち出した資料を見せる。そこには地球外生命体が捕獲され、ワーデックス側によって調査されている記録が残されていた。また、ワーデックスが地球外生命体の技術を調査し、その技術を利用していることも資料から明らかになる。

　スキャンロンは地球外生命体の装置を利用し、人間の意識へ接触する。ダニエルにも接触を試みるが、ダニエルはその侵入を防ぐ。スキャンロンは次にジェーンへ接触し、ジェーンの意識を操作する。ジェーンは自分の意思とは別にナイフを隠し、ダニエルを攻撃するよう仕向けられる。

　マーガレットはダニエルに連絡し、ワーデックスの部隊が農場へ向かっていることを伝える。ダニエルはジェーンを連れて逃げるため、ワーデックス側の車を奪う。追跡する車両との衝突によってスキャンロンとジェーンとの接続が切れ、ダニエルとジェーンは車ごと崖から湖へ落ちる。二人は追跡していたワーデックスの部隊から逃れる。

　マーガレットとジャクソンも移動を続ける。その一方で、世界では国家間の緊張が高まり、第三次世界大戦につながる可能性が報じられていた。マーガレットはダニエルを捜すため、ジャクソンと別れて行動する。

　ダニエルとジェーンはモーテルに身を隠す。ヒューゴから連絡を受け、翌日にカンザスシティのテレビ局KCXEへ向かうよう指示される。

　その夜、スキャンロンは再びジェーンの意識に入り込み、二人が隠れているモーテルの場所を突き止める。ワーデックスの部隊がモーテルを襲撃し、ダニエルは捕らえられる。ジェーンはダニエルから託された資料を持って逃げる。

　マーガレットはワーデックスの施設へ向かう。スキャンロンはマーガレットを施設内へ通す。マーガレットの能力によって施設内の人間が彼女とダニエルを逃がす。ワーデックス側のキャスパー・ボイドは二人を追跡する。

　ダニエルとマーガレットは車で逃走する。ボイドは二人の車を追跡し、列車へ激突させる。二人は列車を利用して追跡をかわし、別の列車との衝突も避ける。

　その後、マーガレットとダニエルは自分たちの過去について話す。マーガレットは幼少期に見た思い出について話し、ダニエルも子どもの頃に同じような動物を見た記憶があることを話す。

　ヒューゴはワーデックス内部にいた人物で、ワーデックスが長年管理してきた地球外生命体に関する情報を公開しようとしていた。スキャンロンはヒューゴの意識にも入り込み、活動をやめるよう働きかける。しかし、ヒューゴは計画を続ける。

　ヒューゴたちはダニエルとマーガレットを含む仲間を脱出させ、KCXEへ向かう。そこでマーガレットはテレビ局の責任者に特別番組を放送する許可を求める。

　ワーデックスは放送を止めるためテレビ局の電源を遮断し、非常用電源も停止させる。しかし、ジェーンが別の地球外生命体の装置を持って現れ、マーガレットがその装置を使ってテレビ局の電力を復旧させる。

　ダニエルは持ち出した映像資料をテレビ局のシステムへ送る。資料の転送が完了すると、ワーデックス側は放送を止めることができなくなる。スキャンロンはその場に座り、追跡を続けることをやめる。

　マーガレットは特別番組を開始し、放送はアメリカ国内だけでなく、各国の放送局にも伝わっていく。

　ダニエルが持ち出した資料が放送され、1947年のロズウェル事件から続く地球外生命体に関する記録が世界中へ公開される。映像には地球外生命体の墜落、回収、捕獲、調査に関する記録が含まれている。また、ワーデックスが地球外生命体を調査し、その技術を利用していたことも映像によって示される。これまでワーデックスが管理していた地球外生命体に関する情報が公開され、地球外生命体の存在が世界中に知られることになる。

　放送の終盤、ヒューゴたちはワーデックスから保護していた地球外生命体をスタジオへ運び込む。その地球外生命体は人間より大きな身体を持ち、スタジオに姿を現す。地球外生命体はダニエルに向かって言葉を発する。ダニエルはその言葉を理解し、その内容をマーガレットに伝える。

　マーガレットはカメラの前へ戻り、世界中に向けて地球外生命体の言葉を伝えようとする。そして「Listen」と発したところでおしまい。