1999年の大晦日、スイスのベルンで開かれたパーティーに発明家のトニー・スタークが出席する。そこで植物学者のマヤ・ハンセンと出会い、彼女が研究している植物の再生能力を応用した技術について話をする。

　同じ会場にいた科学者のアルドリッチ・キリアンは、トニーに自分が立ち上げた研究組織AIMへの協力を求める。トニーはキリアンと屋上で会う約束をするが、マヤと過ごしたあと、キリアンを屋上に残したまま立ち去る。

　それから年月がたち、ニューヨークでの戦いを経験したトニーは、自宅の作業場でアイアンマン・スーツの開発を続けていた。新型のマーク42をはじめ、複数のスーツを製作している。夜も作業を続け、突然パニック発作を起こすこともあった。恋人のペッパー・ポッツはスターク社の経営を担いながら、トニーと暮らしていた。

　そのころ、マンダリンと名乗る人物が映像を通じて犯行声明を発表し、アメリカ各地で爆破事件が発生していた。トニーの運転手兼ボディーガードのハッピー・ホーガンは、スターク社を訪れたキリアンの部下エリック・サヴィンを不審に思い、彼を尾行する。

　その後、爆発事件に巻き込まれたハッピーは重傷を負い、昏睡状態に陥る。トニーはテレビを通じてマンダリンに挑戦状をたたきつけ、自宅の住所を公表する。

　すると、武装ヘリコプターがトニーの邸宅を襲撃する。ミサイル攻撃によって建物が破壊され、トニーはペッパーを逃がそうとしながら、遠隔操作も可能なマーク42を装着する。邸宅は崩壊し、トニーはスーツとともに海へ落下する。ジャーヴィスの操作によってスーツはトニーを運び出すが、設定された飛行経路に従ってテネシー州へ向かう。損傷したスーツとともに現地へ到着したトニーは、マリブへ戻れなくなる。

　テネシー州でトニーは、機械いじりが得意な少年ハーレー・キーナーと出会う。ハーレーの協力を得てスーツを修理しながら、近隣で発生した爆発事件を調べる。現場を調査すると、爆発事件とマンダリンの犯行声明に関連があることが分かり、トニーは事件の背景を追い始める。

　調査の過程で浮かび上がったのは、人体の再生能力を高める実験技術「エクストリミス」だった。この技術は身体の損傷を修復する一方、実験が失敗すると体内で異常な発熱が起き、被験者が爆発する危険性を持っていた。

　トニーが調査を進めるなか、キリアンの部下でエクストリミスを投与されたエレン・ブラントとサヴィンが現れる。トニーは二人と戦い、その場から逃れる。エクストリミスを投与された者は、負傷した身体を再生させ、高熱を利用して攻撃する能力を持っていた。

　一方、キリアンはペッパーに接触し、AIMの研究への協力を求める。ペッパーが断ると、キリアンは彼女を拘束する。ジェームズ・ローズは、ウォーマシンを改修した装甲「アイアン・パトリオット」を着用して活動していたが、キリアンの部下たちに装甲を奪われる。

　トニーはマンダリンの発信場所を突き止め、マイアミにある屋敷へ向かう。そこにいたのは、トレヴァー・スラッタリーというイギリス人俳優だった。トレヴァーはマンダリンを演じるために雇われており、テレビで発表していた犯行声明も演技だった。実際の爆破事件を指揮していたのはキリアンだった。

　キリアンはトニーの前に姿を現し、AIMがエクストリミスの実験で起きた爆発をテロ事件に見せかけていたことを明かす。キリアンはエクストリミスによって身体能力を高め、部下たちにも技術を投与していた。マンダリンという架空のテロリストを利用して世間に恐怖を広め、政府や軍に自分たちの技術を売り込もうとしていた。

　キリアンはトニーを拘束し、ペッパーを人質にしていることを告げる。その場にいたマヤ・ハンセンはキリアンの行動を止めようとするが、キリアンに銃で撃たれて死亡する。

　拘束から逃れたトニーはローズと合流する。二人はキリアンの計画と、大統領マシュー・エリスが標的になっていることを知る。キリアンの部下サヴィンはアイアン・パトリオットの装甲を利用して大統領専用機エアフォース・ワンに乗り込み、機内を制圧する。

　トニーはマーク42を遠隔操作して大統領専用機へ送り込む。機内の乗員や乗客が危険にさらされるなか、トニーはスーツを使って彼らを救出する。しかし、大統領はキリアンの部下たちに連れ去られる。

　キリアンは大統領を拘束し、石油掘削施設で処刑する計画を進める。副大統領もキリアンに協力しており、エクストリミスによって娘の身体を治療してもらうことを条件に、キリアンの計画に加担していた。

　トニーとローズはキリアンの拠点へ向かう。トニーはジャーヴィスに指示し、これまで製作してきたアイアンマン・スーツを一斉に呼び寄せる「ハウス・パーティー・プロトコル」を発動する。多数のスーツが施設へ飛来し、キリアンの部下たちとの戦闘が始まる。

　ローズは大統領を救出する。一方、トニーは拘束されていたペッパーを捜す。トニーがペッパーに手を伸ばしたとき、施設の一部が崩れ、ペッパーは高所から炎の中へ落下する。

　トニーはキリアンと戦い、マーク42を使って攻撃する。キリアンは倒れるが、エクストリミスの再生能力によって再び立ち上がる。

　ペッパーはエクストリミスを投与されており、落下を生き延びていた。ペッパーはキリアンに攻撃を加え、トニーのスーツから外れた武器を使ってキリアンを倒す。

　事件が解決すると、トニーはジャーヴィスに指示し、残っていたアイアンマン・スーツを一斉に爆破する。ハーレーには後日、トニーから工具などの贈り物が届けられる。昏睡状態だったハッピーも目を覚ます。

　トニーはペッパーの身体に残るエクストリミスの影響を取り除く処置を行う。また、自身の胸に埋め込まれていたミサイルの破片を取り除く手術を受ける。胸に取り付けていたアーク・リアクターも取り外し、海へ投げ捨てる。

　最後にトニーは、自分自身とアイアンマンの関係について語る。エンドロール後、トニーがブルース・バナーに一連の出来事を話していたことが明らかになる。ブルースは話を聞いていたが、途中で眠ってしまっておしまい。

　前作から2年後の1949年。敷島浩一と典子は結婚し、戦災孤児の明子と3人で暮らしている。太田澄子は孤児院「青澄園」を運営しており、典子もそこで手伝いをしていた。

　その頃、空を飛ぶ巨大生物が出現し、各地を襲撃する。生物学者の村上寛治は、隕石の落下地点で鳥などを捕食する謎の生物を発見する。調査を進めると、その生物は捕食を繰り返しながら成長し、巨大化していた。村上は、キメラとヒドラを組み合わせて、この怪獣を「ギドラ」と名付ける。

　村上は野田健治が率いる大型災害対策事務局に加わり、ギドラの討伐計画に参加する。野田たちは米軍から提供された戦闘機を使用し、爆弾を投下する作戦を立てる。敷島も作戦に加わり、戦闘機による攻撃に参加する。

　最初の爆撃はギドラに通用せず、作戦は失敗する。そこで野田たちは、青山眞琴が立案した別の作戦に切り替える。気象予報官の青山は、接近する雷雲を利用してギドラに避雷針を打ち込み、落雷を集中させる計画を立てていた。

　敷島たちは戦闘機でギドラに接近し、作戦を実行する。ギドラに避雷針を打ち込むことに成功し、落雷が直撃する。しかし、ギドラは倒れず、3本の首を持つキングギドラへと変化する。キングギドラは反重力光線を放ち、建物や人間を空中へ浮かび上がらせる。浮き上がった建物や人間は地上へ落下し、各地に被害をもたらす。

　一方、海に沈んだはずのゴジラが再び出現する。米軍はゴジラを兵器として利用する計画を進めていた。野田たちはゴジラとキングギドラを戦わせ、両者を倒すための作戦を立案する。

　村上は、共鳴波を増幅する装置を使ってゴジラを呼び寄せる方法を提案する。そのために必要なのが、ゴジラ細胞によって生き延びた典子だった。敷島と典子は明子を連れて新潟へ向かうが、典子は被害に遭った人たちを見て作戦への協力を決める。明子を預けた後、敷島と典子はゴジラを呼び寄せる作戦に加わる。

　キングギドラは雷雲を追って移動していた。青山は雷雲の位置を予測し、ゴジラとキングギドラを銀座へ誘導する。銀座で2体が対峙し、ゴジラは放射熱線を、キングギドラは反重力光線を使って攻撃する。

　野田たちは電力を使ってキングギドラを誘い出し、液体窒素で凍結させる作戦を実行する。しかし、装置が故障してしまい、野田は現場へ向かい、キングギドラの周囲にガソリンを流す。敷島に爆撃を指示した野田は、その場から逃げ遅れて爆発に巻き込まれる。

　爆撃によってキングギドラの動きが弱まると、村上たちは共鳴波を使ってゴジラを目覚めさせる。キングギドラは切断された首を取り込み、ゴジラ細胞を取り込む。キングギドラが攻撃の準備を進める中、ゴジラは放射熱線を放ち、キングギドラを倒す。

　戦闘後、米軍はゴジラに対して大規模な爆撃を開始する。しかし、攻撃はすぐに中止される。米軍はゴジラを操る能力を持つ典子を確保する方針に切り替え、典子を兵器として利用しようとする。

　野田が用意していた計画に従い、敷島と典子は秋津清治たちが迎えに来た船「新生丸」で脱出して、明子と別れを告げようとするが、やっぱり見捨てられず、3人はバイクで逃走する。村上も脱出しようとするが米軍に連行される。

　ゴジラは海へ戻っておしまい。

　高校生の加藤勝は、弟の歩と二人で暮らしている。歩の誕生日にケーキを買って帰る途中、地下鉄の駅で通り魔事件に遭遇する。加藤は襲われた人を助けようとして犯人に刺され、命を落とす。

　次に目を覚ました加藤は、見知らぬマンションの一室にいた。部屋には黒い球体「ガンツ」が置かれ、東京チームのレイカ、鈴木良一、西丈一郎が集まっていた。ガンツが起動し、今回の標的として「ぬらりひょん」の名前が表示される。加藤は鈴木から、ガンツの指示に従って星人と戦うこと、制限時間内に敵を倒すこと、ミッション終了後には得点が与えられることを聞く。100点を獲得すると、強力な武器の入手、死亡した参加者の復活、記憶を消して元の生活に戻るという三つの特典から一つを選べることも知る。

　加藤、レイカ、鈴木、西は大阪へ転送される。転送先は、死体が散乱するアーケード街。周囲には妖怪の姿をした星人が現れ、参加者たちに襲いかかる。加藤たちは大阪チームと遭遇する。大阪チームは星人との戦闘に慣れており、次々と敵を倒していく。鈴木とレイカは大阪チームに戦闘を任せようとするが、加藤は襲われている一般人を助けるために行動する。

　加藤は武器の扱いに慣れておらず、星人との戦闘で苦戦する。大阪チームの山咲杏が加藤を援護し、二人は星人を倒して一般人を救出する。加藤は弟と暮らしていることを話し、杏も幼い息子を育てていることを明かす。

　大阪チームには、室谷信雄、島木譲二、岡八郎らが参加していた。岡は100点クリアを七回達成した経験を持ち、巨大なガンツロボットを操縦している。道頓堀では巨大な牛鬼が出現し、岡はロボットに乗って攻撃を仕掛ける。ロボットの武器を使って牛鬼を倒した岡は、別の星人との戦闘に向かう。

　加藤たちは鈴木やレイカと合流するが、天狗に襲われる。大阪チームの室谷と島木が加勢し、室谷は武器を使って天狗を攻撃する。しかし、天狗は倒れず、室谷を捕らえる。室谷は反撃するが、天狗との戦闘で命を落とす。

　続いて島木は、ぬらりひょんと戦う。島木はガンツスーツの出力を上げてぬらりひょんを捕らえるが、ぬらりひょんは姿を変え、女性の身体が集まったような形態になる。島木はその攻撃を受けて死亡する。

　加藤たちはぬらりひょんに攻撃を仕掛ける。レイカや杏も加勢するが、ぬらりひょんは姿を変えながら攻撃を続ける。加藤は鈴木とともに戦うものの、ぬらりひょんの反撃を受ける。鈴木は加藤をかばって重傷を負い、西も戦闘中に腕を切断される。

　岡はぬらりひょんと交戦し、攻撃を加える。しかし、ぬらりひょんは倒れた後も再び立ち上がる。岡はぬらりひょんとの戦闘を続けるが、決着をつけられず、武器を取りにその場を離れる。加藤たちは、ぬらりひょんを倒すために行動を続ける。

　加藤は自分が囮となり、ぬらりひょんの意識外から攻撃するためにレイカと杏が離れた場所から狙撃する作戦を立てる。作戦を実行する前、杏は加藤に、戦いを生き延びたら加藤の弟と自分の息子を含めて四人で暮らそうと話す。その後、杏は狙撃位置へ向かい、加藤は橋の上でぬらりひょんを待つ。

　ぬらりひょんが現れたとき、その手には岡の首があった。岡はぬらりひょんに倒されていた。加藤はぬらりひょんと対峙し、杏とレイカは離れた場所から攻撃を開始する。二人の狙撃によって、ぬらりひょんの身体は損傷していくが、ぬらりひょんは目から光線を放って反撃する。その攻撃で加藤は両脚を切断され、橋の上に倒れる。

　杏は加藤を援護するため、ぬらりひょんに向かって攻撃を続ける。しかし、ぬらりひょんの光線を受け、杏は身体を切断されて死亡する。加藤が倒れたまま動けずにいると、西がステルス機能を使って接近し、ぬらりひょんを攻撃する。加藤は西の援護を受けて武器を手に取り、Zガンを撃ち続ける。加藤たちはぬらりひょんを倒し、ミッションを終える。

　生き残った参加者たちはガンツの部屋へ転送され、採点を受ける。加藤は100点を獲得する。鈴木とレイカは、100点の特典を使ってミッションから解放され、元の生活へ戻る選択を勧める。しかし、加藤は死亡した杏を生き返らせる特典を選ぶ。

　大阪チームのガンツの部屋では、杏が復活する。ガンツの球体には、加藤が100点を獲得したことが表示されている。加藤はミッションを終え、弟の歩が待つ家へ帰る。

加藤が部屋を出た後、鈴木とレイカは、加藤が以前にも東京チームの一員としてガンツのミッションに参加していたことを話す。加藤は過去に100点を獲得し、記憶を消して元の生活に戻る特典を選んでいた。レイカは、いつか自分も100点を獲得し、死亡した玄野計を生き返らせることを決める。加藤は歩のもとへ帰っておしまい。

　ライリーはミネソタ州で両親と暮らす11歳の少女。父親がサンフランシスコで新しい仕事に就くことになり、家族は住み慣れたミネソタ州を離れて引っ越す。

　ライリーの頭の中には「司令部」と呼ばれる場所があり、ヨロコビ、カナシミ、イカリ、ムカムカ、ビビリの5つの感情が暮らしている。5人は司令部にある操作盤を使い、ライリーの反応や行動に関わっている。ライリーが経験した出来事は色のついたボールとして記憶に保存され、そのなかでも特に重要な記憶は「コア・メモリー」と呼ばれる。コア・メモリーは、家族や友情、ホッケーなど、ライリーの人格を形作る「性格の島」を支えている。

　家族がサンフランシスコに到着すると、新居には引っ越し荷物がまだ届いていなかった。段ボール箱が積まれた家で新生活が始まり、父親は新しい仕事に追われる。翌日、ライリーは新しい学校へ通い始める。

　教室で自己紹介をすることになったライリーは、以前暮らしていたミネソタ州での生活について話す。ところが、カナシミが記憶のボールに触れると、その記憶が青く変化し、ライリーはクラスメートの前で泣き出してしまう。ヨロコビは青くなったコア・メモリーを取り除こうとするが、その拍子にほかのコア・メモリーまで司令部から飛び出してしまう。ヨロコビとカナシミはコア・メモリーとともに司令部の外へ運ばれ、長期記憶の保管場所へ流される。

　司令部にはイカリ、ムカムカ、ビビリの3人が残る。ヨロコビとカナシミが不在のなか、3人は操作盤を担当することになる。ライリーは新しい生活に戸惑い、家族との食事ではサンフランシスコのピザに使われているブロッコリーを嫌がる。父親とのやり取りでも反発し、家族の食卓には険悪な空気が流れる。

　一方、ヨロコビとカナシミは司令部へ戻る方法を探す。長期記憶の保管場所で、2人はライリーが幼いころに作り出した空想上の友達、ビンボンと出会う。ビンボンはヨロコビたちに協力し、思考や考えを司令部へ運ぶ「考えの列車」に乗るため、3人で移動を始める。

　途中で列車に乗り込んだ3人だったが、ライリーが眠ると列車も停止してしまう。そこで3人は、ライリーを目覚めさせるために夢を制作する施設「夢制作スタジオ」へ向かう。夢の撮影現場に入り込んだヨロコビたちは、ライリーが悪夢を見るように仕向ける。ライリーが目を覚ますと列車が再び動き出し、3人は司令部への帰還を目指す。

　そのころ、ライリーはアイスホッケーチームの入団テストを受ける。しかし、思うようにプレーできず、怒りをあらわにしてしまう。頭の中ではホッケーの島が崩れ落ち、ライリーの人格を支える性格の島にも変化が起き始める。

　司令部に残ったイカリは、ライリーがミネソタ州で暮らしていたころの生活を取り戻そうと考え、家出するという計画を立てる。ライリーは母親の財布からクレジットカードを抜き取り、ミネソタ州へ戻るバスの切符を購入する。家出の準備が進むにつれて性格の島が次々と崩壊し、ヨロコビたちが乗っていた考えの列車も脱線してしまう。ヨロコビとビンボンは長期記憶の保管場所から記憶のゴミ捨て場へ落下し、カナシミは司令部へ戻る道を探し続ける。

　記憶のゴミ捨て場で、ヨロコビはライリーがホッケーの試合に負けたときの記憶を見つける。試合に負けたライリーは泣いていたが、両親やチームの仲間たちが彼女のそばに集まり、慰めていた。その後、ライリーは両親や仲間と一緒に笑顔を取り戻す。ヨロコビはこの記憶を通して、悲しい出来事のあとに家族や仲間がライリーを支えていたことを知る。

　ヨロコビとビンボンは、ビンボンが持っていたロケット型の手押し車を使い、記憶のゴミ捨て場から脱出しようとする。手押し車は歌の力で飛び上がるが、2人が乗ったままでは崖の上まで届かない。何度も挑戦した末、ビンボンはヨロコビだけを脱出させるために手押し車から降りる。ヨロコビは崖の上へ到達するが、ビンボンは記憶のゴミ捨て場に残り、やがて姿を消す。

　ヨロコビはカナシミを探し出し、2人で司令部へ戻る。そのころ、ライリーはすでにミネソタ州行きのバスに乗っていた。司令部ではイカリ、ムカムカ、ビビリがライリーの行動を制御しようとするものの、コア・メモリーが失われ、性格の島も崩壊しているため、操作盤は正常に機能しない。

　司令部に戻ったヨロコビは、自分で操作盤を動かそうとするのをやめ、カナシミに操作を任せる。ライリーはバスの中で涙を流し、途中でバスを降りて家へ戻る。帰宅したライリーは両親に、ミネソタ州で暮らしていた家や友達が恋しいと打ち明ける。両親はライリーを抱きしめ、自分たちも以前の生活を懐かしく思っていることを伝える。

　司令部では、ヨロコビとカナシミが協力して操作盤を動かす。新たなコア・メモリーには喜びと悲しみの両方が含まれ、性格の島も再構成されていく。

　それから1年後、ライリーはサンフランシスコで生活を続け、新しい友達と過ごしながらアイスホッケーにも取り組んでいる。司令部では5つの感情が協力して操作盤を使うようになり、ライリーの記憶には複数の感情が混ざるようになる。操作盤も以前より大きくなり、成長したライリーの変化に対応しておしまい。

　芸人を目指している鈴木ユウキは、お笑い養成所に通いながらアルバイトをしている。養成所時代の先輩で元相方の剛志は、ヒーローショーのアルバイトをしており、ユウキを仕事に誘う。ユウキは「電流戦士ギガチェンジャー」のショーに戦闘員として参加し、ショーで使う衣装や道具を積んだバンの運転も担当する。

　ショーでは剛志が悪役を演じ、ノボルがギガレッド、勉がギガブルーを演じている。進行役の美由紀は剛志の恋人だったが、ノボルとも関係を持っていた。剛志はそのことを知り、ショーの最中にノボルへ殴りかかる。ステージ上で剛志とノボルが殴り合いになり、ノボル側には勉も加わる。ヒーローショーは中断され、剛志も負傷する。

　剛志はノボルへの報復を決め、ユウキを連れて鬼丸兄弟のもとへ向かう。剛志は鬼丸兄弟にノボルへの仕返しを頼む。剛志、ユウキ、鬼丸兄弟はノボルと勉を襲い、二人に暴行を加えて金を要求する。ノボルと勉は兄の香川拓也に助けを求める。拓也は二人への報復を決める。

　拓也は千葉県の勝浦にいる石川勇気へ連絡する。勇気は元自衛官で、現在は配管工事の仕事をしている。恋人のあさみと暮らしており、二人は将来、石垣島で店を開くことを考えている。あさみには幼い息子がおり、息子は別れた夫と暮らしている。

　拓也と勇気は剛志たちへの報復を進める。東京から来た剛志、ユウキ、鬼丸らを勝浦で待ち受け、両者が接触すると勇気たちは剛志たちの車を襲撃する。鬼丸が車から引きずり出され、複数の男から暴行を受ける。剛志も捕まり、暴行を受ける。ユウキもその場に残され、剛志たちへの暴行を目撃する。

　拓也たちは剛志と鬼丸を車で運び、山中へ向かう。山中の工事現場でショベルカーを使って穴を掘り、剛志を穴の中へ入れる。鬼丸は途中で逃げ出し、その場には剛志が残される。拓也たちは剛志の上に土をかけて埋める。ユウキもその場におり、剛志を埋める作業に加わる。

　穴を掘ったショベルカーの運転手は、作業について口止めするための金を要求する。拓也たちは金を用意するため、ユウキに金を借りてくるよう指示する。ユウキは消費者金融へ向かうが、金を借りることができず、その場から逃げ出す。

　一方、あさみは亡くなった元夫の葬儀へ向かい、息子に会おうとする。しかし親族に止められ、息子と会うことができない。勇気とユウキはあさみを息子に会わせるため、ヒーローショーの衣装を利用して息子を連れ出す。勇気、あさみ、息子、ユウキの4人は水族館へ行く。その後、勇気は息子を家族のもとへ戻し、ユウキもその場を離れる。

　そのころ、勇気の弟分であるヒロトが剛志のバンを運転して事故を起こす。事故はニュースで報じられ、拓也と勉がその情報を知る。剛志を山中に埋めたことが発覚することを避けるため、拓也は勇気に連絡し、剛志を埋めた場所から移動させるよう指示する。

　勇気はユウキを呼び出し、剛志を埋めた場所へ向かう。ユウキは剛志が埋められた場所を確認する。その後、勇気は自宅へ戻る。

　勇気のもとには勉と鬼丸兄弟が現れる。勉は血を流しており、鬼丸兄弟も一緒に勇気の前に現れる。あさみが買い物から戻ると、玄関付近で倒れている勇気を発見する。

　鈴木ユウキは故郷へ戻る。郊外のショッピングモールでは、ユウキの両親がたい焼きの屋台を出している。ユウキは両親の屋台を手伝い、客にたい焼きを渡す。最後にユウキが客へ頭を下げておしまい。

　1987年、リュウは第1回ワールドウォリアー・トーナメントに出場し、ムエタイの格闘家サガットを倒して優勝する。戦いの中でリュウが「殺意の波動」と呼ばれる力を使ったことが、豪鬼の注意を引く。豪鬼はリュウの師匠である剛拳を殺害する。剛拳の死後、リュウとケン・マスターズは別々の道を歩み、リュウは格闘技の世界から姿を消す。

　6年後の1993年、犯罪組織シャドルーを率いるベガは、メトロラオ・シティで第2回ワールドウォリアー・トーナメントを開催する。ベガは大会を利用してリュウをおびき寄せ、その力を奪おうとする。インターポールの捜査官である春麗は、父親を殺したベガを追っており、リュウとケンに大会への招待状を渡す。

　リュウは当初、大会への出場を断る。しかし、豪鬼が大会の優勝者を殺すと告げたため、リュウはメトロラオ・シティへ向かう。リュウはケンに大会へ出場しないよう伝えるが、ケンは出場を続ける。リュウは出場枠を持っているエドモンド本田と戦って勝利し、大会への出場枠を手に入れる。

　大会前夜、参加者たちはバーで乱闘を起こす。そこへベガの兵士たちが現れ、格闘家たちを制圧する。リュウは兵士たちに連行され、ベガの拠点である塔へ運ばれる。

　大会が始まると、ベガの大会が始まると、バルログがガイルを倒し、ケンはボクサーのバイソンを倒す。一方、塔に拘束されたリュウに対し、ベガは自分の組織に加わるよう要求する。リュウが拒否すると、ベガはリュウを牢獄へ移し、ブランカと戦わせる。同時に、ベガは装置を使ってリュウの格闘能力を吸い取ろうとする。

　リュウはブランカとの戦闘中に波動拳を放ち、牢獄の壁を破壊する。その衝撃で能力を吸い取る装置が故障し、ブランカは拘束から逃れる。

　大会では、ケンがダルシムを倒す。次の試合を控えたケンは、春麗からベガがリュウを捕らえ、その力を奪おうとしていることを知らされる。ケンは大会を離れてリュウの救出に向かうが、ベガの兵士たちに捕らえられる。

　ケンが目を覚ますと、リュウは能力を吸い取る装置に拘束されている。ベガが装置を作動させると、ブランカが部屋に侵入し、リュウを解放。

　そのころ春麗はベガのもとへ向かい、父親の死についてベガを問い詰める。ベガは部下のバルログを春麗に差し向ける。春麗はバルログを倒すが、ベガ本人のサイコクラッシャーを受けて倒される。

　リュウとケンは再び顔を合わせ、戦い始める。リュウは、かつてケンが第1回ワールドウォリアー・トーナメントに出場するための招待状を破り捨てたことを明かす。2人は戦闘を続け、リュウが波動拳を放ってケンを倒す。

　ケンが次の試合に現れなかったため、キックボクサーのジョーが大会の優勝者として扱われる。豪鬼は大会に現れ、ジョーを殺害する。その後、豪鬼はリュウと対決する。戦闘の中でリュウは暗い力に支配された姿へ変わり、豪鬼を倒す。

　リュウは豪鬼を倒した後も、その力に支配され続ける。ケン、春麗、ダンがリュウを止めようとするが、リュウの攻撃を抑えられない。ケンは炎をまとった波動拳を放ち、リュウを倒して暗い力から解放する。リュウは元の状態に戻る。意識を失ったリュウをみんなで歌って復活させる。

　ベガはキャミィと兵士たちに、倒された豪鬼の遺体を回収するよう命じ、その力を奪う計画を進める様子。キャミィはロケットランチャーを使い、春麗のバンを破壊する。

　翌日、リュウ、ケン、春麗、ダンは、ガイルとダルシムの車で移動しておしまい。

　ブライアン・ホドゥカヴィッチは、医療品を運ぶ配達員として働いていた。ある夜、ブライアンはラクーンシティ総合病院へ荷物を届ける仕事を引き受け、雪の降る山道を車で走る。運転中、恋人のミシェルと電話で話し、ミシェルは妊娠しており、2人は子どもについて話をしていた。

　走行中、ブライアンは道路に出てきた女性を車ではねる。車を止めて女性の状態を確認するが、携帯電話は圏外で、助けを呼べない。そこへ保安官代理のウィルソンが現れ、女性をパトカーに乗せる。ウィルソンはブライアンに後ろからついてくるよう指示し、車を走らせる。

　その後、いきなりウィルソンのパトカーが道路上で事故を起こす。ブライアンが現場を確認すると、ウィルソンは死亡しており、パトカーに乗せられていた女性も姿を消していた。ブライアンがパトカーの無線機を使おうとすると、女性が襲いかかってくる。ブライアンはウィルソンの拳銃で女性を撃ち、損傷した自分の車から離れる。

　ブライアンは近くの農場へ向かう。納屋に入ると、犬が襲いかかってくる。犬の体から触手のような器官が伸び、通常の犬とは異なる姿に変わっていく。ブライアンは犬を撃ってその場を離れ、農家の建物に入る。建物の中でショットガンを見つけ、弾薬を探していると、先ほどの女性と感染した家主の男性が現れる。

　ブライアンが2人を撃つと、2人の体から触手のような器官が伸び、互いの体が融合していく。複数の人間の体が組み合わさった怪物が出現し、ブライアンを追い始める。ブライアンは農場を離れ、道路沿いのトンネルへ逃げ込む。

　トンネルの出口付近にはキャンピングカーが停車していた。ブライアンが中を調べると、少女が隠れていた。少女はブライアンに近づくが、感染によって体が変異し、彼の腕にかみつく。ブライアンは少女を撃ち、キャンピングカーから離れる。

　トンネルの外へ出たブライアンの前に、農場で遭遇した怪物が再び現れる。怪物は複数の人間の体が融合した姿になっており、ブライアンを追跡する。そこへアンブレラ社の関係者であるカールとマキシンが車で現れ、銃撃して怪物を食い止める。ブライアンは2人の車に乗り、ラクーンシティへ向かう。

　移動中、カールはアンブレラ社が開発した血清について説明する。血清は生物の変異を引き起こすもので、研究施設での事故後、ラクーンシティで感染が広がっていた。ブライアンが運んでいる荷物には、病院の研究施設で治療薬を開発するために必要な物質が入っていた。研究者たちは荷物を受け取り、治療薬を完成させて州兵に引き渡そうとしていた。

　一行がラクーンシティへ入ると、マキシンは路上で感染者に追われている女性を見つけ、車を降りる。マキシンが帰ってこないので、ブライアンが探しに行くとマキシンは怪物に襲われて、胴体が切断された状態で見つかる。カールも怪物に捕らえられ、ブライアンは1人で逃げることになる。

　ブライアンは下水道へ入り、怪物の追跡をかわそうとする。下水道では、腹部が大きく膨張した感染者に遭遇する。感染者の腹部が破裂し、中から大量の変異したネズミが飛び出す。ブライアンはネズミを撃ち、その場から逃げる。ネズミの死骸も互いに融合し始める。

　地上に出たブライアンは、建物の屋上から人々が次々と落下する場面に遭遇する。落下した人々は道路や車の上に倒れる。ブライアンはラクーンシティ総合病院へ向かい、地下駐車場から建物内へ入る。

　病院に到着したブライアンは、少女にかまれた腕の傷が悪化していることを確認する。ブライアンはミシェルに向けて動画を撮影し、メッセージを残す。その後、病院の監視カメラを通じて彼を確認した研究者が、院内放送でブライアンに指示を出す。ブライアンは案内に従い、研究室を目指す。

　ブライアンはエレベーターを利用して上階へ進む。エレベーター内では、酸性の液体を吐き出す感染者が襲いかかる。さらに、先ほどの融合怪物がエレベーターの昇降路を上ってくる。ブライアンは感染者の攻撃を避けながら戦い、酸性の液体を怪物に浴びせて傷を負わせる。怪物が退いたあと、ブライアンは感染者を突き落とし、上階へ進む。

　ブライアンは産科病棟に入る。病棟には感染した職員や変異した新生児がいて、ブライアンに襲いかかる。ブライアンは病棟内を通り抜け、追跡してくる感染者から逃げる。やがて壊れた連絡通路へたどり着き、扉をふさいで感染者の侵入を防ごうとする。

　融合怪物が通路まで追いつくと、ブライアンは残っていた最後の銃弾で、通路をふさいでいた部分を撃ち、追ってきた感染者たちを落下させる。感染者たちは下にいた融合怪物の上へ落ち、怪物も損傷する。ブライアンはその隙に通路を進む。

　ブライアンは病院の上階にある研究室へ荷物を届ける。研究者たちは荷物を受け取り、治療薬の開発に取りかかる。しかし、ブライアンの腕では感染が進行していた。彼の体から触手のような器官が伸び、肉体が変異し始める。

　ブライアンは研究者たちに助けを求めるが、体から伸びた器官が研究室の人々を襲う。研究者たちはブライアンに治療薬を投与しようとするものの、変異した彼の攻撃を受ける。ブライアンは研究者たちを次々と襲い、研究室内で破壊が進む。

　最後に残った研究者は、ブライアンに治療薬を投与しようとする。しかし、薬は手の届かない場所へ落下する。ブライアンは完全に変異し、研究者を襲う。病院の外には州兵のヘリコプターが到着するが、ブライアンの体はすでに人間の姿から大きく変わっていた。ブライアンは怪物となった姿で咆哮しておしまい。

　キエフのオペラハウスでテロ事件が発生する。CIA工作員の名もなき男は武装部隊に紛れて建物内へ入り、仲間とともにテロリストを制圧しながら、ロシア人工作員から情報を得るための作戦を進める。作戦中、名もなき男は仲間を逃がすために行動したことで捕らえられ、拷問を受ける。情報を守るため自殺用のカプセルを飲むが、それは本物の毒ではなく、忠誠心を確認するための偽薬だった。名もなき男は任務を継続する資格を得て、通常とは異なるエントロピーを持つ物体について調査を始める。

　研究施設で名もなき男は、銃から発射された弾丸とは逆に、壁にめり込んでいた弾丸が銃へ戻っていく現象を確認する。科学者から、その弾丸はエントロピーが逆転した「逆行物体」であり、特殊な装置を使えば人間も逆行できると説明される。名もなき男は、未来から現在へ送られている物体や情報を利用した計画が進んでいることを知り、第三次世界大戦につながる計画を阻止する任務を受ける。

　名もなき男はニールと組み、インドのムンバイへ向かう。二人は武器商人サンジェイ・シンと接触し、ムンバイの高層ビルにいる情報提供者からロシア人富豪アンドレイ・セイターに関する情報を得る。セイターは逆行物体を扱っており、名もなき男はセイターの活動を調べるため、セイターの妻キャサリン・バートンに接触する。

　キャサリンは美術鑑定士で、以前、画家アレポが制作したゴヤの贋作を本物と鑑定していた。セイターはその贋作を購入しており、キャサリンが贋作だと知っていることを利用して彼女を支配していた。名もなき男はキャサリンからセイターについての情報を得て、セイターが利用する美術品保管施設へ接近する。

　名もなき男とニールは、オスロ空港にあるフリーポートへ侵入する。二人は航空機を建物に衝突させる陽動を使って施設へ入り、内部の保管区域へ向かう。そこでターンスタイルと呼ばれる装置を発見する。ターンスタイルは物体や人間のエントロピーを逆転させる装置であり、名もなき男はそこで逆行状態の人物と格闘する。その人物はマスクを着けており、名もなき男は正体を確認できない。

　名もなき男は、キエフのオペラハウスで回収された物体や、その後に各地で確認された物体が、未来の人間と関係していることを知る。それらは「アルゴリズム」と呼ばれる装置の一部だった。未来の科学者が作ったアルゴリズムには、世界全体のエントロピーを逆転させる機能がある。科学者はその危険性を認識し、アルゴリズムを九つに分解して過去の各地へ隠した。未来の人間たちは、過去に送った情報を利用してセイターに九つの部品を集めさせていた。

　セイターはソ連の閉鎖都市スタルスク12で働いていた際、未来から送られた金と情報を発見する。その後、未来から送られる指示を利用してアルゴリズムの部品を集める。未来では環境の悪化によって人類が生存しにくい状況になっており、未来の人間たちは過去の世界のエントロピーを逆転させることで状況を変えようとしていた。

　名もなき男とニールは、タリンで輸送車列を襲撃する計画を実行する。セイターも輸送車列を狙っており、アルゴリズムの部品を奪おうとする。名もなき男はケースを確保して中身を別の場所へ移すが、セイターはキャサリンを人質に取る。セイターはターンスタイルを通過して逆行状態になり、逆行弾を使ってキャサリンを撃つ。逆行弾が体内に残ったことでキャサリンは重傷を負う。

　名もなき男たちはキャサリンを救うため、ターンスタイルを使って逆行する。逆行した名もなき男は、時間をさかのぼって輸送車列が襲撃された時点へ戻る。セイター側の車両を追跡する中で、名もなき男は自分自身と同じ場所に存在することになる。セイターは名もなき男が隠したアルゴリズムの部品を奪い、名もなき男の乗った車両を横転させる。セイターは横転した車両に火をつけ、逆行状態の名もなき男を殺そうとするが、ニールが名もなき男を救出する。

　名もなき男、ニール、キャサリンはさらに時間をさかのぼり、オスロ空港のフリーポートへ戻る。ターンスタイルを通過して順行状態へ戻り、キャサリンの体内に残っていた逆行弾の影響を取り除く。名もなき男は、以前フリーポートで戦った逆行状態の人物が自分自身だったことを理解する。

　その後、セイターがアルゴリズムの九つの部品をすべて集め、スタルスク12へ運ぶ計画が判明する。セイターは自分の死と同時にアルゴリズムの位置を未来へ知らせる仕組みを用意していた。セイターが死亡すると、アルゴリズムの位置を示す情報が未来へ送られ、未来の人間がアルゴリズムを回収できる状態になる。セイターには末期の病気があり、ベトナムでキャサリンと過ごした時間を自分の最後の時間に設定する。

　TENETはセイターがアルゴリズムを使用する前に回収するため、スタルスク12で時間挟撃作戦を実行する。部隊は赤チームと青チームに分かれ、赤チームは順行状態、青チームは逆行状態で同じ時間帯の戦場を進む。青チームは逆行して戦場を確認し、その情報を利用して赤チームと連携する。

　スタルスク12では赤チームがセイターの部隊を攻撃する一方、青チームは逆行状態で同じ戦場を反対方向へ進む。セイターの部下ヴォルコフはアルゴリズムを地下施設へ運ぶ。名もなき男とアイヴスは地下施設へ入り、ヴォルコフを追跡する。

　ヴォルコフは地下施設の最深部へアルゴリズムを運び、装置を設置する。名もなき男とアイヴスは地下の部屋へ入り、アルゴリズムを回収する。しかし出口の扉が閉じられており、二人は内部に閉じ込められる。ヴォルコフは二人を殺そうとする。

　そのとき、地下に倒れていた逆行状態の兵士が起き上がり、扉を開ける。名もなき男とアイヴスは部屋から脱出し、アルゴリズムを回収する。兵士はヴォルコフに撃たれて死亡する。その兵士の装備に付いていた特徴的な紐を名もなき男が確認する。

　一方、ベトナムではキャサリンがセイターのヨットへ向かう。セイターはアルゴリズムの位置を確保した状態で死亡するため、名もなき男たちがスタルスク12で作戦を進めている時間に合わせて自分の死を実行しようとしている。キャサリンは、セイターを射殺する。セイターが死亡したことでデッドマンスイッチが作動するが、スタルスク12では名もなき男とアイヴスがアルゴリズムを回収している。

　地下施設では爆発が発生。名もなき男とアイヴスはアルゴリズムを持って地下施設から脱出する。ニールは逆行状態から順行状態へ戻り、車両を使って二人を救出する。アルゴリズムはセイター側へ渡らず、TENET側が確保する。

　作戦終了後、名もなき男、ニール、アイヴスはアルゴリズムを三つに分け、それぞれを別々に隠す。名もなき男はニールのバッグに付いている紐を確認し、スタルスク12の地下で扉を開けた兵士がニールだったことを知る。

　ニールは、名もなき男が自分をTENETの活動へ参加させたことを話す。ニールにとって名もなき男との関係は今回の作戦以前から続いており、名もなき男にとっては今回の出会いがニールとの関係の始まりになる。ニールは再び逆行し、スタルスク12へ戻る。地下施設へ入り、扉を開け、ヴォルコフに撃たれることで、すでに起きた出来事を成立させる。

　ロンドンではキャサリンが息子と生活している。プリヤはキャサリンがTENETについて知ったことから、キャサリンを殺害しようとする。名もなき男はプリヤの計画を把握し、プリヤを射殺する。キャサリンと息子はその場を離れておしまい。

　トーリン・オーケンシールド率いるドワーフ一行は、ビルボ・バギンズとガンダルフとともに、スマウグに奪われた故郷エレボールを取り戻すため旅を続けている。アゾグ率いるオークたちに追われる一行は、森の中を進んでいる途中で巨大な熊に遭遇する。熊から逃げた一行は一軒の家に入り、そこに住むビヨルンと出会う。ビヨルンは人間の姿と巨大な熊の姿を行き来する人物で、オークを敵視している。ガンダルフはビヨルンに事情を説明し、一行は彼の家で夜を過ごす。翌朝、ビヨルンは一行に馬を貸し、闇の森の入口まで送り出す。

　闇の森へ入る前に、ガンダルフは一行と別れる。森の近くにある古い遺跡を調べたガンダルフは、南方で起きている異変を調べるため、一人で別の場所へ向かうことにする。トーリンたちはガンダルフから、森の中で道を外さないこと、目的地へ着くまで旅を続けることを指示される。

　ガンダルフと別れたトーリンたちは闇の森へ入る。しかし、森の中を進むうちに道を外れ、巨大な蜘蛛の群れに襲われる。蜘蛛はドワーフたちを糸で縛り上げ、木々の間へ運んでいく。ビルボは指輪を使って姿を隠し、蜘蛛を攻撃する。ビルボは蜘蛛を倒し、捕らえられていたドワーフたちを助ける。

　その直後、闇の森のエルフたちが現れ、蜘蛛を退ける。エルフたちはドワーフたちを捕らえ、森の王スランドゥイルのもとへ連れていく。指輪で姿を隠していたビルボは捕まらず、エルフたちの後を追う。

　スランドゥイルはトーリンたちから旅の目的を聞く。トーリンはエレボールを取り戻すために旅をしていることを明かすが、スランドゥイルはドワーフたちを牢獄へ入れる。ビルボは牢獄の鍵を手に入れ、ドワーフたちを脱出させる。さらに、エルフたちが運んでいた樽を利用し、ドワーフたちを樽の中へ入れて川へ流す。ビルボも樽に入り、一行は川を下って闇の森から脱出する。

　川を下る途中、ドワーフたちはボルグ率いるオークたちに襲われる。オークを追ってエルフたちも川へ入り、ドワーフ、エルフ、オークが川の上で戦う。ドワーフたちは樽に乗ったまま川を下り、エルフたちはオークを攻撃する。キーリはボルグの放った矢を受けて負傷する。一行はオークから逃れ、湖の町エスガロスを目指す。

　一方、ガンダルフはラダガストと合流し、古い墓を調べる。そこにはかつて指輪の幽鬼となった者たちが葬られていたが、墓は空になっている。ガンダルフは指輪の幽鬼が戻っていることを確認し、ラダガストにその情報を伝えるよう指示する。その後、ガンダルフはドル・グルドゥアへ向かう。

　トーリンたちは湖の町へ向かう途中、船を操るバルドと出会う。バルドは一行を船に乗せ、湖の町へ運ぶ。町へ入ったドワーフたちは町の統領のもとへ連れていかれる。トーリンは自分がエレボールの王位継承者であることを明かし、エレボールを取り戻した後には町にも利益を与えると話す。統領はトーリンたちを受け入れ、旅に必要な武器や物資を用意する。

　キーリはオークの矢を受けて負傷していたため、エレボールへ向かう一行から外れる。フィーリ、オイン、ボフールもキーリとともに湖の町へ残る。バルドはキーリを自宅へ運び、傷の手当てをさせる。

　バルドは、かつてスマウグがデイルを襲った際に使われた黒い矢を保管している。黒い矢は通常の矢よりも大きく、スマウグを倒すために使われる武器だった。バルドはスマウグが再び現れた場合に備えて矢を用意するが、町の統領の手下に捕らえられる。その際、バルドは息子のバインに黒い矢を託す。

　そのころガンダルフはドル・グルドゥアへ入り、内部を調べる。オークたちが街部していて、戦いながら奥へ進んだガンダルフは、死人遣いと呼ばれていた存在と対面する。その存在はガンダルフの前で正体を現し、サウロンであることが明らかになる。サウロンはガンダルフを攻撃し、ガンダルフを捕らえる。

　エレボールを目指すトーリンたちは、目的地へ近づいたところで隠し扉を探す。ビルボは地図を確認し、月の光によって隠し扉の位置を見つける。トーリンが持っていた鍵を使って扉を開き、一行はエレボールの内部へ入る。

　トーリンはビルボに、財宝の中からアーケン石を探すよう指示する。ビルボは一人で広大な財宝の中へ入り、アーケン石を探す。金貨や宝物の山を進んでいくと、その下で眠っていたスマウグが目を覚ます。

　ビルボは指輪を使って姿を隠しながらスマウグから逃れる。スマウグは姿の見えない侵入者の存在に気づき、ビルボに話しかける。ビルボはスマウグと会話しながら財宝の中を移動し、アーケン石を見つけて持ち去る。

　スマウグはエレボール内部を飛び回り、ドワーフたちを追う。トーリンたちはエレボールの鍛冶場へ逃げ込み、そこでスマウグを倒す方法を探す。ドワーフたちは鍛冶場を利用して巨大な黄金像を作り、大量の溶けた金をスマウグへ浴びせる。しかしスマウグは黄金の中から姿を現し、攻撃を受けても生き残る。

　一方、湖の町ではボルグ率いるオークたちがキーリたちを襲う。フィーリ、オイン、ボフールがオークと戦い、バルドの家にいる者たちも襲撃を受ける。そこへタウリエルとレゴラスが現れ、オークたちと戦う。タウリエルは毒の矢を受けたキーリの治療を続け、レゴラスは逃げたボルグを追う。

　タウリエルはキーリの傷に処置を施す。キーリは毒の影響を受けて動けなくなっている。タウリエルは治療を続け、キーリは回復していく。一方、スランドゥイルは捕らえたオークを尋問し、南方で軍勢が動いていることを知る。スランドゥイルはエルフの王国を閉ざすことを決める。

　エレボールでは、スマウグがドワーフたちを追い続ける。トーリンたちは鍛冶場を使ってスマウグを攻撃するが、スマウグは攻撃をかわし、黄金の中から脱出する。ビルボはアーケン石を持ったままドワーフたちと合流する。

　スマウグはエレボールから飛び立ち、湖の町へ向かう。ビルボはスマウグが湖の町を攻撃することを知る。トーリンたちはエレボールに残され、ガンダルフはドル・グルドゥアで捕らえられたままとなる。スマウグは湖の町へ向かって飛んでおしまい。

　ダニエル・ケルナーは、ワーデックス社でサイバーセキュリティの仕事をしていた。ワーデックスは地球外生命体に関する機密情報を長年管理しており、ダニエルは社内に保管されていた資料と地球外生命体の装置を持ち出す。資料には1947年のロズウェル事件以降に記録された地球外生命体に関する情報が含まれていた。

　ダニエルはワーデックスから追われる身となり、恋人のジェーン・ブランケンシップを人質に取られる。ダニエルはジェーンと資料を交換するため、ワーデックスの最高経営責任者ノア・スキャンロンと接触する。スキャンロンは資料だけでなく、ダニエルが持ち出した地球外生命体の装置も要求する。

　ダニエルは装置を使用して追跡をかわし、ジェーンとともに逃走する。その後、ワーデックス内部の協力者ヒューゴ・ウェイクフィールドとも連絡を取り、持ち出した資料を公開するための行動を続ける。ジェーンは以前、修道女になるために過ごしていた修道院を隠れ場所として提案し、二人はそこへ向かう。

　一方、カンザスシティでは気象キャスターのマーガレット・フェアチャイルドが恋人のジャクソンと暮らしていた。ある朝、マーガレットの家に一羽の鳥が入ってくる。その直後から、マーガレットは自分が学んだ記憶のない言語を話すようになる。

　マーガレットは車で移動中に警察官から停止を求められる。すると、警察官本人しか知らない出来事について話し始める。マーガレットは警察官の私生活に関する情報を口にし、その後もテレビ局で同僚について本人から聞いていない情報を話す。

　気象番組の放送が始まると、マーガレットは突然、通常の言語とは異なる音を発する。放送終了後に倒れ、病院へ運ばれる。

　マーガレットが放送中に話した映像はインターネット上に広まり、ワーデックスもその映像を確認する。ダニエルはマーガレットが発した言葉を理解し、その内容を「知らないものを恐れないで」と解釈する。

　病院にはFBIを名乗る人物たちが現れるが、マーガレットは彼らが本物のFBIではないことを認識して、マーガレットはジャクソンと病院から逃げ、ダニエルを捜すために移動する。

　そのころダニエルとジェーンは農場に身を隠していた。ダニエルはジェーンにワーデックスから持ち出した資料を見せる。そこには地球外生命体が捕獲され、ワーデックス側によって調査されている記録が残されていた。また、ワーデックスが地球外生命体の技術を調査し、その技術を利用していることも資料から明らかになる。

　スキャンロンは地球外生命体の装置を利用し、人間の意識へ接触する。ダニエルにも接触を試みるが、ダニエルはその侵入を防ぐ。スキャンロンは次にジェーンへ接触し、ジェーンの意識を操作する。ジェーンは自分の意思とは別にナイフを隠し、ダニエルを攻撃するよう仕向けられる。

　マーガレットはダニエルに連絡し、ワーデックスの部隊が農場へ向かっていることを伝える。ダニエルはジェーンを連れて逃げるため、ワーデックス側の車を奪う。追跡する車両との衝突によってスキャンロンとジェーンとの接続が切れ、ダニエルとジェーンは車ごと崖から湖へ落ちる。二人は追跡していたワーデックスの部隊から逃れる。

　マーガレットとジャクソンも移動を続ける。その一方で、世界では国家間の緊張が高まり、第三次世界大戦につながる可能性が報じられていた。マーガレットはダニエルを捜すため、ジャクソンと別れて行動する。

　ダニエルとジェーンはモーテルに身を隠す。ヒューゴから連絡を受け、翌日にカンザスシティのテレビ局KCXEへ向かうよう指示される。

　その夜、スキャンロンは再びジェーンの意識に入り込み、二人が隠れているモーテルの場所を突き止める。ワーデックスの部隊がモーテルを襲撃し、ダニエルは捕らえられる。ジェーンはダニエルから託された資料を持って逃げる。

　マーガレットはワーデックスの施設へ向かう。スキャンロンはマーガレットを施設内へ通す。マーガレットの能力によって施設内の人間が彼女とダニエルを逃がす。ワーデックス側のキャスパー・ボイドは二人を追跡する。

　ダニエルとマーガレットは車で逃走する。ボイドは二人の車を追跡し、列車へ激突させる。二人は列車を利用して追跡をかわし、別の列車との衝突も避ける。

　その後、マーガレットとダニエルは自分たちの過去について話す。マーガレットは幼少期に見た思い出について話し、ダニエルも子どもの頃に同じような動物を見た記憶があることを話す。

　ヒューゴはワーデックス内部にいた人物で、ワーデックスが長年管理してきた地球外生命体に関する情報を公開しようとしていた。スキャンロンはヒューゴの意識にも入り込み、活動をやめるよう働きかける。しかし、ヒューゴは計画を続ける。

　ヒューゴたちはダニエルとマーガレットを含む仲間を脱出させ、KCXEへ向かう。そこでマーガレットはテレビ局の責任者に特別番組を放送する許可を求める。

　ワーデックスは放送を止めるためテレビ局の電源を遮断し、非常用電源も停止させる。しかし、ジェーンが別の地球外生命体の装置を持って現れ、マーガレットがその装置を使ってテレビ局の電力を復旧させる。

　ダニエルは持ち出した映像資料をテレビ局のシステムへ送る。資料の転送が完了すると、ワーデックス側は放送を止めることができなくなる。スキャンロンはその場に座り、追跡を続けることをやめる。

　マーガレットは特別番組を開始し、放送はアメリカ国内だけでなく、各国の放送局にも伝わっていく。

　ダニエルが持ち出した資料が放送され、1947年のロズウェル事件から続く地球外生命体に関する記録が世界中へ公開される。映像には地球外生命体の墜落、回収、捕獲、調査に関する記録が含まれている。また、ワーデックスが地球外生命体を調査し、その技術を利用していたことも映像によって示される。これまでワーデックスが管理していた地球外生命体に関する情報が公開され、地球外生命体の存在が世界中に知られることになる。

　放送の終盤、ヒューゴたちはワーデックスから保護していた地球外生命体をスタジオへ運び込む。その地球外生命体は人間より大きな身体を持ち、スタジオに姿を現す。地球外生命体はダニエルに向かって言葉を発する。ダニエルはその言葉を理解し、その内容をマーガレットに伝える。

　マーガレットはカメラの前へ戻り、世界中に向けて地球外生命体の言葉を伝えようとする。そして「Listen」と発したところでおしまい。